| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,496,459 | C→A | 5.8% | G323G (GGG→GGT) | EO946_RS17995 ← | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,496,459 | 0 | C | A | 5.8% | 785.6 / 7.8 | 269 | G323G (GGG→GGT) | EO946_RS17995 | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/191); new base A (25/2); total (76/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATAAGCTGATTGGACATTGTAT > NZ_CP034943/3496320‑3496597 | ttgctGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAAcc < 2:3802358/140‑1 (MQ=255) ttgctGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGAGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAAcc < 2:3407618/140‑1 (MQ=255) tctgctCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAAcccc < 2:1927601/139‑1 (MQ=255) gctgctCGCCTAAAATCTGCGGCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAAcccc < 2:637065/140‑1 (MQ=255) 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CTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATAAGCTGATTGGACATTGTAT > NZ_CP034943/3496320‑3496597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |