| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,976,149 | G→T | 8.1% | G19G (GGC→GGA) | rlmH ← | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,976,149 | 0 | G | T | 8.1% | 715.7 / 14.1 | 279 | G19G (GGC→GGA) | rlmH | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/153); new base T (30/3); total (123/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGATC > NZ_CP034943/3976010‑3976287 | ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCcttgc > 2:388984/1‑140 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTCCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCcttgg > 2:401909/1‑139 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCGTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTAGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCcttgc > 1:1033798/1‑140 (MQ=255) gATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTACGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTATTCAATGCctggct > 2:364992/1‑140 (MQ=255) 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cAATGCCTTGCGTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATGCTCACAATATTGAGATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAg < 2:2255879/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTaata > 2:3059752/1‑138 (MQ=255) aaTGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGa > 2:214417/1‑140 (MQ=255) tGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGATc > 1:590765/1‑140 (MQ=255) tGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGATc > 1:3160695/1‑140 (MQ=255) | TGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGATC > NZ_CP034943/3976010‑3976287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |