| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,829,794 | A→G | 6.0% | E284G (GAA→GGA) | xanP → | xanthine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,794 | 0 | A | G | 6.0% | 251.4 / 4.0 | 74 | E284G (GAA→GGA) | xanP | xanthine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/34); new base G (2/3); total (37/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GATAACACCTTCGGCGCACCGAAAAATCTGCTGCTGGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACGGCCTGAACTCGTTTGTTTCGGCGGTGTTTAACACCTTCCCGAACTCCTGCTTCGGGCAAAACAACGGAGTGATCCAGTTGACTGGTGTTGCCAGCCGCTATGTCGGTTTTGTCGTCGCGCTGATGTTGATCGTGCTGGGTCTGTTCCCGGCAGTGAGCGGTTTTGTA > NC_000913/3829511‑3830059 | gctAACACCTTCGGCGAACCGAAAAATCTGCGGCTGGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATTCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCa < 1:474583/287‑1 (MQ=255) aTAACACCTTCGGCGCACCGAAAAATCTGCTGCTGGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCa < 1:262210/288‑1 (MQ=255) cgcACCGAAAAATCTGCTGCTGGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACg > 1:58833/1‑289 (MQ=255) gctgctgGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCACCGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGTAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCCCTATTACGGTCTTGGCATTGATTGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCACTGGCGTTATCCCGGCGACCTCTGAGGtt > 1:9462/1‑289 (MQ=255) ggCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGaa < 2:188500/289‑1 (MQ=255) ggCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTAGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGaa < 2:260379/289‑1 (MQ=255) aGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCCATTCGCTGGAAACCATTGGCGATATAACGGCGCCCTTTGACGTTTCCGAACAGCCAGTttccgg > 1:449074/1‑288 (MQ=255) 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acttacGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGc > 2:479247/1‑289 (MQ=255) cgcgTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACg > 1:197141/1‑289 (MQ=255) cgTGGCCTCACTGGTAATTGCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACgg > 1:413366/1‑288 (MQ=255) 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gCGATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACGGCCTGAACTCGTTTGTTTcgg < 2:413366/289‑1 (MQ=255) gATGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTCTTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACGGCCTGAACTCGTTTGTTTcggcg < 2:449074/289‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCGGATATGCGCTGGCGTGGTTTATGGGCATGTTGCCAGAAAGCAACGAACCTATGACGCAAGAACTGATTATGGTGCCAACGCCGCTCTATTACGGTCTTGGCATTGAATGGAGTCTGCTGCTGCCGCTGATGCTGGTATTTATGATCACTTCGCTGGAAACCATTGGCGATATCACGGCGACCTCTGACGTTTCCGAACAGCCAGTGTCCGGTCCGCTGTACATGAAACGCCTGAAAGGCGGCGTGCTGGCAAACGGCCTGAACTCGTTTGTTTcggcg < 1:66585/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |