| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 47 [0] | [0] 47 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 47 (0.980) | 40/264 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
CAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAG > NC_000913/3815799‑3816061 | cacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgccccccccctctccttaagggtcagttagccagcgccgccttctgcCg > 1:413238‑M2/142‑143 (MQ=255)cacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCg > 1:724253‑M2/142‑143 (MQ=255) tacgtgctaagcgcaacttcgatcaactggcgctgatatgatttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTccc < 2:235602‑M2/6‑1 (MQ=255) gttggtagccgcgaatgcaatacagtggcgctgatatgcgttcatgccttcgctcctcatcttactttactacagacaaaaaagaggcgactcatccgtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCt < 2:693230‑M2/8‑1 (MQ=255) taagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACt > 1:846809‑M2/131‑143 (MQ=255) agcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaataagtttgccagcgacgccttctgcCGTCCCCTGCACTTc > 1:483462‑M2/129‑143 (MQ=255) aattcaataaactcgcgctgatatggtttcatgccttcgcacctcatcttactattctacccacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaaccagtctgccagcgccgccttctgcCGCCCCCCGCACTTCAatgat < 2:214188‑M2/21‑1 (MQ=255) attcaataaactcgcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgatg < 1:477110‑M2/22‑1 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccgtcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc < 1:447629‑M2/27‑1 (MQ=255) ctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgcctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCGGCACATCAATCATGCGCCCGCCCTCGGtca > 2:220021‑M2/106‑143 (MQ=255) gaatatggttgcgatccttcgctccccatcttacttttctacagacaagaaaagggcgactcatcagtcgccttaaatatccgtttgtcagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:789130‑M2/39‑1 (MQ=255) atatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttatacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCTGtcatca > 2:123254‑M2/103‑143 (MQ=255) ggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAc < 2:868037‑M2/45‑1 (MQ=255) gtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaacaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACg < 1:757536‑M2/46‑1 (MQ=255) ttgcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGt < 1:746251‑M2/47‑1 (MQ=255) tcgtgccgtcgctcctcatcttacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc < 1:392808‑M2/49‑1 (MQ=255) tcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGGGCCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTc > 1:597386‑M2/95‑143 (MQ=255) ctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTGCAGTTCGGtgtc > 1:4117‑M2/84‑143 (MQ=255) tcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccgtaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgaCGACCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTTGGTcgct > 1:514760‑M2/83‑143 (MQ=255) ttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTCCGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga > 1:299026‑M2/75‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 1:83177‑M2/71‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCCCTGCGGCAGAGCCt > 2:139472‑M2/71‑143 (MQ=255) ctacagacaattaaatggctactcatcagtcgccttaaaaatcaggttgccagcgccgcctactgcAGTTCCCGGCAGTTCAATGCTGCGCGCGTCTTCTGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCaa < 1:83931‑M2/77‑1 (MQ=255) ctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCaa < 1:421397‑M2/77‑1 (MQ=255) 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aaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttcggcCGTCCCCTGCATTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATc < 1:858276‑M2/90‑1 (MQ=255) aaggcgccccaccagtcgccgtaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCCTGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCg < 2:499396‑M2/91‑1 (MQ=255) gcgactcatcagtcgtcttaaagagctggttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCTTCTTCGGTCATGACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCaa < 2:415783‑M2/94‑1 (MQ=255) gacgcagcagtcgcattaaaaatgagttggcccgcgccgcctcctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCACGTCATCGGTCAGCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAAc < 1:340178‑M2/96‑1 (MQ=255) cctgatcaggcgcgtgaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTGCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCAGCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGGGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAAcc < 2:447776‑M2/97‑1 (MQ=255) 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atcagtttgccagcgccgacttctgcAGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCGTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCATCGACGTTCACAAGTcc > 2:20827‑M2/27‑143 (MQ=255) agttgtccagggccgccgtctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTGCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 2:243563‑M2/120‑1 (MQ=255) tttgccaacgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTGCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTGCACAAGTCCGACAg > 1:532294‑M2/22‑143 (MQ=255) | CAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAG > NC_000913/3815799‑3816061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |