| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 1,636,570 | 0 | T | G | 53.4% | 70.4 / inf | 225 | S9S (TCT→TCG) | EK12AG100_RS25635 | Rac prophage; protein YnaM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/47); new base G (64/56); total (122/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ATATAGGCTATATCACCTTGATATTTTTCTTTTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGA > NZ_LN832404/1636277‑1636863 | tataTCACCTTGATATTTTTCTTCTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTGCATAAGATAGTTTGCAGTTGCCACTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCCGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAGGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACTTCGCTCCTTATc < 1:511355/295‑1 (MQ=255) 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aCTGATAATCACTTCGCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCATAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGAACTATAAATACCAGAACATTGCTTg > 2:589745/1‑295 (MQ=255) gATAATCACTTCGCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGTATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGAtt > 1:644396/1‑295 (MQ=255) ctctcCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGa > 1:200886/1‑295 (MQ=255) | ATATAGGCTATATCACCTTGATATTTTTCTTTTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGA > NZ_LN832404/1636277‑1636863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |