| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 2,876,939 | C→T | 100% | L138L (TTG→TTA) | cas5e ← | type I‑E CRISPR‑associated protein Cas5/CasD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,876,939 | 0 | C | T | 100.0% | 376.9 / ‑6.7 | 103 | L138L (TTG→TTA) | cas5e | type I‑E CRISPR‑associated protein Cas5/CasD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (47/55); total (48/55) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATCCCTGCTCCAGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTGAGATACATCCATACCTCCTTTAATCACATACCATTCTCGGGAAGCAAATTGTCGAGGCAAGGTGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTCAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAAGGAGGCATCACATAAATATTCGCGCCATGTTTGAATCGTTTCATGACTTTTCAAACCACGGTAATCTTCTCGCGCTCCAAGGACTGTATGGTAATCACGCAACCCCGTTACAGACACACGACGATCGTCAAGAATGAGTTCATCGCAGCGCACTGCAAATTGCACACTCTCTGATAACGCCTGTAATGAAGAAGTATCATCACGTTGGATCCCAAGACA > NZ_LN832404/2876647‑2877226 | cccTGCTCCAGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTGAGATACATCCATACCTCCTTTAATCACATACCATTCTCGGGAAGCAAATTGTCGAGGCAAGGTGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAGGTGTATACCGAGGCTTTAATa < 1:514890/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |