Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 4,506,712 | G→T | 100% | intergenic (+105/+452) | EK12AG100_RS25865 → / ← EK12AG100_RS22290 | hypothetical protein/Fe(3+) dicitrate ABC transporter ATP‑binding protein FecE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 4,506,712 | 0 | G | T | 100.0% | 344.3 / NA | 91 | intergenic (+105/+452) | EK12AG100_RS25865/EK12AG100_RS22290 | hypothetical protein/Fe(3+) dicitrate ABC transporter ATP‑binding protein FecE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (51/40); total (51/40) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGG > NZ_LN832404/4506425‑4507003 | tGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACGGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTTGCCTGTATTACGTAGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGAACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGACACTGAATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCt > 1:831824/1‑295 (MQ=255) acgcattCCTGTGGTGGTGACGGGGAGGCGGCCACCATGCTTCGCGCGTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCtttt < 2:693399/289‑1 (MQ=255) acCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGa > 1:720388/1‑295 (MQ=255) cATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGCTATTATTGATAACCATCGATCCATCAACTCTCCTGTATAACGTTGCTGCAGGTGATTACGAAAGTTGCACCTACCTAATTATTAGCAAACGTCAC‑CTTTTTAGTAAAATCGATGGTCATAAACTGGATTATCACTCCTGTTCCATGTTTGCCTTTgtat > 2:40580/1‑292 (MQ=255) cATCCTATGGTTGTGGTGTGGAGTGTGCCACCGTGCTGCGCTCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCTTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGAtt < 2:602746/295‑1 (MQ=255) aTCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTCTGCCTGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGTCACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTCCCGGTGCTCAAGAAAGCCTCACCTAGCTAAGTAGTAGCAACCG‑CACACCTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGGTTTCCAATGCCGTTCCGTGGTTTCTTTGGAttt > 2:9845/1‑295 (MQ=255) tgtgACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGt > 2:367039/1‑295 (MQ=255) gtgACTGGTAGTCCGCTACCGTGATTCTCGCGTTCCCGCCGGCGAACAGTGGAGAAGGACGGGCCAGTCTGCCTTCACTTGATGCCAGCTTCGGTAATCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCGGTATAACGTAGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTc < 2:831824/295‑1 (MQ=255) ttaCTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCt < 1:332024/293‑1 (MQ=255) tgACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCGGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCt < 1:518253/295‑1 (MQ=255) gggAGGCTGCCACCATGCGTGGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCa < 1:185574/295‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACATACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCttt > 2:360358/1‑295 (MQ=255) gCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGAGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGAt < 1:750485/295‑1 (MQ=255) 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TGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACG‑CACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGG > NZ_LN832404/4506425‑4507003 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |