| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 4,264,972 | T→A | 100% | intergenic (+192/+310) | EK12AG100_RS21080 → / ← EK12AG100_RS25365 | aromatic amino acid transaminase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,264,972 | 0 | T | A | 100.0% | 685.1 / NA | 177 | intergenic (+192/+310) | EK12AG100_RS21080/EK12AG100_RS25365 | aromatic amino acid transaminase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (85/92); total (85/92) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATTCTAATGTTAAAGAGAACTCTTTTTTCCGCTTTGTGTAAGTTTAACCTTATATTGATTACCAATATCAAATAAAAAGGTCCTGTAATGAGAATAATCACCTTTAACCTCCTCGGCAAAACAGCAAAGCGTGCAAATATACATAAAGTCT > NZ_LN832404/4264682‑4265259 | tcATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGCGTTTGCTGCGGTGATGTAATGCAGGAAAGCAGGCTGGAGCTACCCAGCCTGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAAAAATTTCTGCACATCTa < 1:898837/294‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |