| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913_3_KO_pgi | 4,233,840 | +GCTCGACCAATGGTCTGATTAACCGCTATAAAGCGTGGCGCGGTTA | intergenic (‑607/‑500) | lysC ← / → yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_KO_pgi | = 4233840 | 0 (0.000) | 56 (1.020) +GCTCGACCAATGGTCTGATTAACCGCTATAAAGCGTGGCGCGGTTA |
40/186 | 0.4 | 100% | intergenic (‑607/‑500) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913_3_KO_pgi | 4233841 = | NA (NA) | intergenic (‑608/‑499) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
GCGCTACAATCTTCCAAAGTCACAATTCTCAAAATCAGAAGAGTATTGCTAGGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCGAAGTTCCTATACTTTCTAGAGAATAGGAACTTCGAACTGCAGGTCGACGGATCCCCGGAATATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAA > NC_000913_3_KO_pgi/4233707‑4233990 | actacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGt < 1:899152‑M2/16‑1 (MQ=255) tacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAg > 1:890193‑M2/133‑150 (MQ=255) tacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAg < 2:721924‑M2/18‑1 (MQ=255) tacggtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAg > 2:142395‑M2/133‑150 (MQ=255) tacggtggaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaatagtaacatcgccctccaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAg < 1:344265‑M2/18‑1 (MQ=255) gtgtaggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtttgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCg < 1:958261‑M2/22‑1 (MQ=255) ggctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATaa > 2:1288854‑M2/124‑150 (MQ=255) gctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATTTAGGCCGGCTAAg > 1:140008‑M2/123‑150 (MQ=255) ctggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAgg > 2:769321‑M2/122‑150 (MQ=255) tggagctgcttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCCTCGTCGATATGTCGGCCGGATAAGGc < 1:1194557‑M2/30‑1 (MQ=255) tggagctgcttcgaagttcctatacttgctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgttataaagcgtggcgcggttaATCTCCGTCGATATGTTGGCCGGATAAGGc < 1:1194535‑M2/30‑1 (MQ=255) cttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcagggcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgc < 1:1133789‑M2/38‑1 (MQ=255) ttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc > 1:738977‑M2/112‑150 (MQ=255) ttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:1338008‑M2/39‑1 (MQ=255) ttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc > 2:357768‑M2/112‑150 (MQ=255) ttcgaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc > 2:508091‑M2/112‑150 (MQ=255) gaagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCa > 2:932324‑M2/109‑150 (MQ=255) aagttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 1:990440‑M2/108‑150 (MQ=255) aagttcatatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 2:187586‑M2/108‑150 (MQ=255) gttcctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTACACGCCGCATcc > 1:1208382‑M2/106‑150 (MQ=255) attcctaaacttactagaaaaaaggaacttcgaactacaagtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc < 1:579070‑M2/45‑1 (MQ=255) ctatactttctagagaataggaacttcgaactgcaagtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCa > 2:1224187‑M2/102‑150 (MQ=255) tatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatcgccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCg > 1:134979‑M2/101‑131 (MQ=255) tatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCg < 2:134979‑M2/31‑1 (MQ=255) tatactttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaa > 2:287158‑M2/101‑150 (MQ=255) ctttctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGa < 1:769321‑M2/54‑1 (MQ=255) tctagagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGc < 1:177983‑M2/57‑1 (MQ=255) gagaataggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGa > 1:1093061‑M2/90‑150 (MQ=255) taggaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGa < 2:448839‑M2/66‑1 (MQ=255) gaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGAcgc > 1:315609‑M2/82‑150 (MQ=255) gaacttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGAcgc > 2:1387369‑M2/82‑150 (MQ=255) ttcgaactgcaggtcgacggtgcccctgaattctcgatcaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTc < 2:1133998‑M2/73‑1 (MQ=255) ttcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTc > 2:239553‑M2/78‑150 (MQ=255) tcgaactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTcg < 1:449665‑M2/74‑1 (MQ=255) gaactgcaggtcgacggatccccggaatgatagaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTcgcg > 2:1004160‑M2/75‑150 (MQ=255) aactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCAtcgtc < 1:112994‑M2/9‑1 (MQ=255) aactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCAtcgtc > 2:112994‑M2/74‑82 (MQ=255) aactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGt < 1:672688‑M2/77‑1 (MQ=255) aactgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGt < 2:738977‑M2/77‑1 (MQ=255) ctgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCt < 1:932324‑M2/79‑1 (MQ=255) tgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggctcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCtt > 1:1145574‑M2/71‑150 (MQ=255) tgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCtt < 1:730850‑M2/80‑1 (MQ=255) tgcaggtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCtt < 1:723542‑M2/80‑1 (MQ=255) ggttgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATAAGACGCGAccgcgtcgcatca < 1:383362‑M2/84‑7 (MQ=255) gtcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAg < 1:70206‑M2/85‑1 (MQ=255) gcgacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAgg < 2:228811‑M2/86‑1 (MQ=255) gacggatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGCCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGcc > 2:481105‑M2/63‑150 (MQ=255) gggtccccggaatgctcgacccatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTAc < 1:1040906‑M2/91‑1 (MQ=255) gatccccggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCAtcaggcatcgg < 1:142395‑M2/92‑6 (MQ=255) 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ccggaatgctcaaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGc > 1:903421‑M2/54‑140 (MQ=255) ggaatgctcgaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCatccagggctgt < 2:15895‑M2/99‑6 (MQ=255) gaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCAtcgtc < 2:661786‑M2/9‑1 (MQ=255) gaccaatggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCAtcgtc > 1:661786‑M2/43‑51 (MQ=255) atggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAg > 1:1095662‑M2/38‑130 (MQ=255) atggtctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAg < 2:1095662‑M2/93‑1 (MQ=255) tctgattaaccgctataaagcgtggcgcggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTa > 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gggttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACgattg < 2:1046549‑M2/144‑1 (MQ=255) gttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACgattgat < 1:255283‑M2/146‑1 (MQ=255) gttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACgattgat < 1:1288854‑M2/146‑1 (MQ=255) gttaATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATACCACgattgat > 2:1283240‑M2/5‑150 (MQ=255) atcatcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTaaa < 2:1098757/150‑1 (MQ=255) atcatcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTAGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTaaa > 1:655723/1‑150 (MQ=255) | GCGCTACAATCTTCCAAAGTCACAATTCTCAAAATCAGAAGAGTATTGCTAGGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCGAAGTTCCTATACTTTCTAGAGAATAGGAACTTCGAACTGCAGGTCGACGGATCCCCGGAATATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAA > NC_000913_3_KO_pgi/4233707‑4233990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |