Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,112,767 | C→T | 6.0% | G635G (GGC→GGT) | opgH → | OPG biosynthetic ACP‑dependent transmembrane UDP‑glucose beta‑1,2 glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,112,767 | 0 | C | T | 6.0% | 206.7 / 2.5 | 66 | G635G (GGC→GGT) | opgH | OPG biosynthetic ACP‑dependent transmembrane UDP‑glucose beta‑1,2 glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/35); new base T (2/2); total (29/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.57e-01 |
TTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTT > NC_000913/1112619‑1112907 | ttttGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGAGCGTTACATTATCGTTTCTGCTGGAAGTGG‑TTTTTTCCGAGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCAGACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGc > 1:129312/1‑149 (MQ=255) gCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTgg < 7:196883/148‑1 (MQ=255) tCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAgtg > 8:116269/1‑149 (MQ=255) gTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAgtg < 1:114278/146‑1 (MQ=255) cAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACAGTATCGTTGCTGCTCGAAGTGC‑TTTTGACCGTGCACCAGGCTCCGGTACGCCTGCACTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTAGGCTGGGAAGTGGTGTgg > 3:386039/1‑148 (MQ=255) aaaGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGaa < 1:191822/149‑1 (MQ=255) aaGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAAt > 7:274259/1‑149 (MQ=255) gAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCg > 4:120961/1‑148 (MQ=255) aTACGGCGGCTTCTGGCGCGTTTCATTATCGTTTCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtg < 2:129312/149‑1 (MQ=255) tACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtga < 7:351912/149‑1 (MQ=255) gcggcTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtgatgat < 4:315376/149‑1 (MQ=255) gcggcTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACACATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtgatgat < 3:160563/149‑1 (MQ=255) ggcTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtgatgatga < 2:63199/149‑1 (MQ=255) ggcGTCTGGCGCGTTACATTCTCGTTGCTGCTGGACGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGAGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtgatgatga < 6:10325/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATAAGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTAACCGCAGCGTGATGAAGACTc > 7:148778/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTc < 2:362915/147‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑GTTTTTCCGTGCTGCGGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGGTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTc < 4:79998/147‑1 (MQ=255) gcgTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtga > 7:60698/1‑133 (MQ=255) gcgTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGtga < 8:60698/133‑1 (MQ=255) cgTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCAGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCt < 8:118169/149‑1 (MQ=255) gctACAGTATCGGTGCTGGTGGAAGTTC‑TTTTTTCTGTGCTGCCTGCTCCGGTTCGCATGCTTTTCCATACTGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGTAGTGGTGTGGTATGGACCGAAGCGGGATGCTGTCTCGTCTTCTTg < 4:386039/147‑1 (MQ=255) ttACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTgg > 2:371194/1‑149 (MQ=255) aCATTATCGTTGCGGCTGGAAGTTC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGTTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCACCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTggg < 4:256830/148‑1 (MQ=255) cATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGGTCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTgggg < 1:312542/148‑1 (MQ=255) aTTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGt > 5:233792/1‑148 (MQ=255) tATCGGTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTCCGGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGGTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTGGGCTGGGAAGGGGTGTGGAATTCCCCGCCGCGTGCTGCTGCCTCCACGTCCTggggagca > 6:267446/1‑145 (MQ=255) aTCGTTGCTGCTGCTAGTGC‑GTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATTCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGaa < 6:136081/148‑1 (MQ=255) tgtttGATGATGGAAGTTC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTAAGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACAGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGc < 2:359033/146‑1 (MQ=255) cggctgGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTTGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCa < 1:295539/146‑1 (MQ=255) tgctgGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTc < 8:89591/124‑1 (MQ=255) tgctgGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTc > 7:89591/1‑124 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tCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgct > 7:318420/1‑149 (MQ=255) tgctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCCCTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGt > 4:122407/1‑147 (MQ=255) ctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTTAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAg < 3:120961/148‑1 (MQ=255) ctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAgg < 8:274259/149‑1 (MQ=255) ggCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAGGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGt > 8:187437/1‑149 (MQ=255) tCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAg > 8:21756/1‑149 (MQ=255) aTGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGt < 7:116269/149‑1 (MQ=255) tGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGTTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCa > 3:347812/1‑109 (MQ=255) tGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGTTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCa < 4:342291/109‑1 (MQ=255) tGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGTTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCa < 4:347812/109‑1 (MQ=255) tGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGTTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCa > 3:342291/1‑109 (MQ=255) ttCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGa < 1:371194/148‑1 (MQ=255) ttCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGAt > 2:223239/1‑149 (MQ=255) ttCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTAACAGCAGCTGTGAg < 7:257234/127‑1 (MQ=255) ttCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTAACAGCAGCTGTGAg > 8:257234/1‑127 (MQ=255) ccATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATgg > 1:161493/1‑149 (MQ=255) ccATACGGGCTGCGTTGTCCGCGCGTTCCTTGGCGGGGCAGGGGTGGGGAATTCACCGCAGCGTGATGAGGACGCCACTTCCGGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATg < 5:267446/148‑1 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ttGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTg > 1:98615/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGc < 7:294146/148‑1 (MQ=255) gTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGc < 7:21756/148‑1 (MQ=255) tCAGCGCGGGCCTTGGCGGGGAAGTGGGGGGGTATTCACGGCAGCGGGATGATGACTCCACTCCCTGGTGGGATGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTCGGGTTAGGGTGGGCGGTTGGGATGGCGGGGCTGGATCTGCg < 3:122407/148‑1 (MQ=255) gcgcGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTc > 2:107106/1‑149 (MQ=255) ttCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGtt > 3:296823/1‑149 (MQ=255) ttCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTACACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGtt > 6:405765/1‑149 (MQ=255) | TTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGC‑TTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTT > NC_000913/1112619‑1112907 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |