| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,072,013 | C→T | 5.4% | H159Y (CAT→TAT) | flu → | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,072,013 | 0 | C | T | 5.4% | 239.5 / 2.4 | 74 | H159Y (CAT→TAT) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/39); new base T (2/2); total (33/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
AGCCAACAAAACGACTGTCACCAGTGGTGGTCTTCAGAGAGTGAACCCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACGGGCTGTGAACACCACGCTGAATGGTGGCGAACAGTGGATGCATGAGGGGGCGATAGCCACAGGAACCGTCATTAATGATAAGGGCTGGCAGGTCGTCAAGCCCGGTACAGTGGCAACGGATACCGTTGTTAATACCGGGGCGGAAGGGGGACCGGATGCAGAAAACGGTGATACCGGGCAGTTTGTTC > NC_000913/2071865‑2072160 | aGCCAACAAAACGACTGTCACCAGTGGTGGTCTTCAGAGAGTGAACCCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACGGGCTGTGAACACCACGCTGAATGGTGGCGAACAGTGGATGc < 1:292687/149‑1 (MQ=255) gCCAACAAAACGACTGTCACCAGTGGTGGTCTTCAGAGAGTGAACCCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACGGGCTGTGAACACCACGCTGAATGGTGGCGAACAGTGGATGCa < 1:104925/149‑1 (MQ=255) gCCAACAAAACGACTGTCACCAGTGGTGGTCTTCAGAGAGTGAACCCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGATATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACGGGCTGTGAACACCACGCTGAATGGTGGCGAACAGTGGATGCa > 5:372987/1‑149 (MQ=255) 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gCATGAGGGGGCGATAGCCACAGGAACCGTCATTAATGATAAGGGCTGGCAGGTCGTCAAGCCCGGTACAGTGGCAACGGATACCGTTGTTAATACCGGGGCGGAAGGGGGACCGGATGCAGAAAACGGTGATACCGGGCAGTTTGTTc > 3:89649/1‑149 (MQ=255) | AGCCAACAAAACGACTGTCACCAGTGGTGGTCTTCAGAGAGTGAACCCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACGGGCTGTGAACACCACGCTGAATGGTGGCGAACAGTGGATGCATGAGGGGGCGATAGCCACAGGAACCGTCATTAATGATAAGGGCTGGCAGGTCGTCAAGCCCGGTACAGTGGCAACGGATACCGTTGTTAATACCGGGGCGGAAGGGGGACCGGATGCAGAAAACGGTGATACCGGGCAGTTTGTTC > NC_000913/2071865‑2072160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |