| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,936,278 | A→G | 5.5% | M1M (ATG→GTG) † | rbsB → | D‑ribose ABC transporter periplasmic binding protein; ribose chemotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,936,278 | 0 | A | G | 5.5% | 231.2 / 3.2 | 73 | M1M (ATG→GTG) † | rbsB | D‑ribose ABC transporter periplasmic binding protein; ribose chemotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/31); new base G (2/2); total (40/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
GCATTAATTCTTGGCTTCCTTAATAATGGATTGAATTTGTTAGGTGTTTCCTCCTATTACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCA > NC_000913/3936131‑3936423 | gcATTAATTCTTGGCTTCCTTAATAATGGATTGAATTTGTTAGGTGTTTCCTCCTATTACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAatat < 1:389751/149‑1 (MQ=255) ttAATTCTTGGCTTCCTTAATAATTGATTGAATTTGTTAGGTGTTTACTCCTATTACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGaa > 5:192003/1‑149 (MQ=255) aaTTCTTGGCTTCCTTAATAATGGATTGAATTTGTTAGGTGTTTCCTCCTATTACCAGATGATCGTCAAAGCGGTGGTGATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACa > 8:224582/1‑149 (MQ=255) 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gtgATTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGacac > 2:209087/1‑149 (MQ=255) aTTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCa < 7:153304/148‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCAt > 5:206312/1‑149 (MQ=255) ttttGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGa > 5:14371/1‑132 (MQ=255) ttttGCTGGCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGa < 6:14371/132‑1 (MQ=255) gCGGTGCTGGTAGACAACAAAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCtgg < 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caacaaAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCtt < 5:60398/148‑1 (MQ=255) aacaaAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGc > 5:350994/1‑101 (MQ=255) aacaaAAAGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGc < 6:350994/101‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATGTGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATgg < 8:334558/109‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATGTGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATgg < 8:328943/109‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATGTGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATgg > 7:334558/1‑109 (MQ=255) aaaaaGCAGTAATAACGACTACAGGACATCTTGAATGTGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATgg > 7:328943/1‑109 (MQ=255) taataaCGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAGGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCtt > 6:232187/1‑149 (MQ=255) ataaCGACTACAGGACATCTTGAATATGACCATGAAATAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCttt < 5:376713/148‑1 (MQ=255) ataaCGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCttt < 5:400400/148‑1 (MQ=255) ataaCGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTg > 3:204555/1‑149 (MQ=255) ataaCGACTACAGGACATCTTGAATATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTg < 7:196877/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3936131‑3936423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |