| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,769,576 | T→G | 8.3% | I281S (ATT→AGT) | sacX → | SacY negative regulator SacX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 3,769,576 | 0 | T | G | 8.3% | 825.2 / 16.3 | 348 | I281S (ATT→AGT) | sacX | SacY negative regulator SacX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/180); new base G (39/4); total (164/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGG > NZ_CP034943/3769437‑3769711 | aGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 1:1033816/140‑1 (MQ=255) aGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 1:1461872/140‑1 (MQ=255) cttttAAAATCAATTGGGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTTTGACACACTCGATTGt < 2:2534347/137‑1 (MQ=255) cTATTAAAATCCAGTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGGGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGt < 2:3292622/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCGGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCtgctt > 2:1115296/1‑140 (MQ=255) gCCAAATTATGACACAGTCGATTGGCTATAATTAAGATAACGCCGGCAATGTTGCCGGACCCCTGTTCGGCGGCATCTAATCCAACATCGTTATATACGGCGTGCAAGCTAACGATTATGAGATTGAAGGAACgcagcaa > 2:4862213/1‑138 (MQ=255) gCCAAATTATGACACAGTCGATGGTCGATATTTATGATCACGCCCGCAATTTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCAACAGCGTTGTATACGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAAAGCtgctt > 2:3320149/1‑140 (MQ=255) gCCAAATTATGACACAGTCGAGTGTCTATATTTATGATCACGCCCGCATTGTTTCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTAATCCACCATCGGTCTATCCGGCTTTGATCAAAGCTTTTATTCGATTTAAGCAACcctgcgt > 1:1601071/1‑138 (MQ=255) aaTTATGACACAGTCGAGTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCCACGTTCTATCCGGCTTGCATCATATCTTTTATGCGCTTGAAGCAACGCTGCTTGCTg > 2:615837/1‑140 (MQ=255) ttATGACACAGTCGAGTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGAt < 1:4484405/140‑1 (MQ=255) tCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCAGTGTTTCCGGAGCCCTGTTCCGCGGCATATACTCCACCAACGTTCTATCCGGCTTGCATAATAGCGTTTATTCGATTGAAGCAACGCTGCATGCTGATCCGCGTGTCgg > 2:690208/1‑140 (MQ=255) tCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCCGCATTGTTGCCGGAGCCCGGTTCGGCGGCAACTACTCCACCATCGTTCTATACGGCTTGCCTCATAGCGTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTTCTGAACCCCGTGTCgg > 2:2021833/1‑140 (MQ=255) tCGAGTGTCTATATTTATTATAACGCCGGCATTTTTTCCGGACCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATAGTTCTATCCGGCTTGAATCATAGCGTTTATTCGATTGAAGCAAACCTGCTTTCTGATCCGCGTGTCgg > 2:1934701/1‑140 (MQ=255) | AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGG > NZ_CP034943/3769437‑3769711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |