| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 1,112,969 | C→T | L1022F (CTT→TTT) | addB → | helicase‑exonuclease AddAB subunit AddB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,112,969 | 0 | C | T | 99.1% | 817.4 / NA | 229 | L1022F (CTT→TTT) | addB | helicase‑exonuclease AddAB subunit AddB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (124/102); minor base G (1/1); total (126/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CGGACTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGCTTGGGCTTGACGAGATTGAACAGGAGATCTTTAAGAAATTTAAAATGAAGGGCTTGCTCCTCGGCGATCAGGAAGCGGTTCGCCTTATGGATACGACCCTTCAAGAGGGACGGTCAAATATCATCAATGCGG > NZ_CP034943/1112833‑1113101 | cGGACTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTg > 1:2494454/1‑140 (MQ=255)cGGACTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTg < 2:1851091/140‑1 (MQ=255)cGGACTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTAATAATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCACGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGAAGATTCAATATAATCACCCGTTTg > 2:2288099/1‑140 (MQ=255) aCTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGACTGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTGGGc > 1:1248001/1‑140 (MQ=255) aCTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCACTCTAATCTCCCGTTTGGGc > 1:501093/1‑140 (MQ=255) aCTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTGGGc > 1:1171400/1‑140 (MQ=255) aCTGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTGGGc > 1:568683/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTGGGCtt > 1:3122565/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGCAAATCCTGACTTACCTTGATTGATCGATTAAACATTCAGCCGACTGGCTCGTAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATAGACATGACCCGATGATTCAATCTAATCACCCTTTTCGGCtg > 1:1261343/1‑139 (MQ=255) gcgcTGCAAATGCTGACGTACCTTGATTTATCGATTACTCATTCAGCCGACTGGCTCGGAATGAGGGCGACGCCGGCAGGAGTGCTGTATTTCCATATACATGACCCGATGATTCAATCTAATCTCCCGTTTGGGCTTGa > 1:143159/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |