| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,584,358 | C→A | 6.3% | L347I (CTA→ATA) | EO946_RS18420 → | N‑acetylneuraminate synthase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,584,358 | 0 | C | A | 6.3% | 1203.1 / 6.4 | 549 | L347I (CTA→ATA) | EO946_RS18420 | N‑acetylneuraminate synthase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (242/243); new base A (2/55); total (244/305) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 551 total aligned reads displayed.
CGGAAATGAGAATGCATTAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGCTGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGAAAAAAGCGCTGCTCCCTATTTACGGTATACCATCTGTTGAACGCTGTTTAATCAATTGCCTGGCTGTCCCTGGTGTTCATGAAGTTGTATTGGCAACTTCAAATCTTCCTGAAGACGA > NZ_CP034943/3584219‑3584497 | ggAAATGAGAATGCATTAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGCTGATTTGTCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCt > 2:416842/1‑140 (MQ=255) aaTTAATGCATTTAAAAGCCGAGGACTAATTTCATCATGTCGAAACTGCTGATTTATCTTTAAACCAGCCCATTACCCCCAACGAAATAAAAAGTCTAATATTTGAGATTGCAGTGTTTTTTAGGATAAAATCGACTCGt < 1:2805446/139‑1 (MQ=255) tAATGCCTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGCTGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATACAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTg > 2:2309427/1‑140 (MQ=255) ccTTTACAAGCCGAGGACGCATTTCCTCAAGTAGCAACTGCTGATTTATCGTTAAACCAGCCCATTACACCCAACGAAATAAAAAGTCTAAGAATTGCGATTGCAGTGATATGTAGGCTAAAATCGACTCGTCTGCCGaa > 2:34493/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |