| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 177,011 | 0 | T | G | 8.1% | 768.1 / 7.3 | 336 | intergenic (+184/‑88) | EO946_RS01020/EO946_RS01025 | alcohol dehydrogenase/SulP family inorganic anion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (159/131); new base G (42/4); total (201/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
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1:6391409/140‑1 (MQ=255) tgtCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCaa < 2:6088213/140‑1 (MQ=255) tgtCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCaa < 2:6869006/140‑1 (MQ=255) tgtCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCaa < 1:7223935/140‑1 (MQ=255) tgtCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCaa < 1:141896/140‑1 (MQ=255) agacagctTTTTCTCCTGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCaa < 1:5850208/134‑1 (MQ=255) tCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTGCTGTGATTTGTCCCGTAAAATAAATAAAGCTCCCAAAAAAAAAAATAAGGGGGGGATTTATTTTTTTAAAATGAGTGGGTTTT‑TTTTTATAATATTTTTTAATTAAATCACCAATg > 1:7638040/1‑140 (MQ=255) tctTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGtt < 1:7198968/140‑1 (MQ=255) ctTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTGCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATAAAAAAAATAAGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGGGTGGTTTTA‑TTTTAATAATAGTTTTTGATTATATCATCAATGTTTc > 2:7317769/1‑140 (MQ=255) gTCGTTTTCCTTTCATTTGTCCCCGAAAAAAAAGAAAGCTACCAAAAAAAAAAATAAGGTGGGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTTTA‑ATTTAAAAAAAGTTTTAAATTAAATAACCAATGGTTTGGGAATATccc > 2:1234524/1‑139 (MQ=255) gTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCg < 2:24158/140‑1 (MQ=255) | AGCTCAAACTAAGTTTGAGCCATTATTTTCTTCATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATA‑TTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCG > NZ_CP034943/176872‑177145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |