Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP034943 | 2,991,227 | 0 | T | G | 27.8% | 268.4 / 49.5 | 187 | intergenic (+28/‑179) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/80); new base G (52/0); total (107/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑GTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGG > NZ_CP034943/2991091‑2991363 | cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑Gtgtttttt > 2:1374945/1‑139 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑Gtgttttgg > 2:2091982/1‑138 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑Gtgttgtgg > 1:2567600/1‑136 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCCTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑Gtttttttt > 2:460362/1‑139 (MQ=255) 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ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑GTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGG > NZ_CP034943/2991091‑2991363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |