| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 485,053 | G→T | 8.8% | L445F (TTG→TTT) | kimA → | potassium transporter KimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 485,053 | 0 | G | T | 8.8% | 552.5 / 5.5 | 236 | L445F (TTG→TTT) | kimA | potassium transporter KimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/115); new base T (28/2); total (119/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AAACCAAAAGGGTGGATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACCGTCGTGCAA > NZ_CP034943/484916‑485182 | aaaGGGTGGATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGAGCCTGTTTGTGCCGAAGTTTAATGTTGTTTGGCGTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGGTGttttt > 2:1344774/1‑140 (MQ=255) aaGGGTGGATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGtttttt > 1:4028375/1‑140 (MQ=255) tGGATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGGGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGGTGTTTTTTTCGAt > 1:69018/1‑140 (MQ=255) gATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTa > 2:3498168/1‑140 (MQ=255) tCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACTAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTTCTGTTTTTTGCGATTaaa < 1:384301/140‑1 (MQ=255) tCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTaca < 2:3608414/140‑3 (MQ=255) cGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTaaaa > 2:3048750/1‑140 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGCTCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTTCTGTTTTTTTCGTTTAAAAAt > 2:2546435/1‑140 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAt < 1:1061599/140‑1 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAt < 2:778502/140‑1 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAt < 2:110023/140‑1 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAt < 1:939829/140‑1 (MQ=255) gAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCGTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAt < 1:2423674/140‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCa < 2:2557119/140‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTGTTGCTGTTTTTTTCGATTAAAAAtaa > 2:788325/1‑138 (MQ=255) tGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTTGTGTTTTTTTGGATTAAAAAtaaaaaa > 1:1049549/1‑134 (MQ=255) tGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTTCGATTAAAAATCACTac > 1:974903/1‑140 (MQ=255) gCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTaca < 1:1738772/140‑1 (MQ=255) aTCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGc < 1:3485862/140‑1 (MQ=255) aTCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGGTTTTTGCGATTAAAAAt > 2:89175/1‑129 (MQ=255) aTCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGCTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGc < 2:4010826/140‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGTCGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTGTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGt > 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gcggcgCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGaa < 1:2832308/140‑1 (MQ=255) gcggcgCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATAGTCGTTTTGCTGTTTTTTTCGTTTAAAAATAACTAAAAAGCTGTCGGTGaa > 2:3317534/1‑140 (MQ=255) gcggcgCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCGATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGaa > 2:582430/1‑140 (MQ=255) gcggcgCTTTGATTTCGTTTATGGTTCGGTCGATCCGGTTTGTGACGAAGTTTAATTTTGTATGGCCTGTTTTAATCTTTATGCCTATAGTCGTTTTTCAGTTTTTTGCGGGTGAAAATAACAACACAGCAGTGGGTTaa > 1:1750499/1‑140 (MQ=255) gcTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCt < 1:545630/140‑1 (MQ=255) cTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTTGTGTTTTTTGCGCTTAAAAAAAACAAAACACCTGTCGGTGAACAGCtt > 1:1342990/1‑140 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ccTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACAAAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGaaa > 2:3847811/1‑140 (MQ=255) ccTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTGTTTCTGTTTTTTTCGATTAAAAATCAATAAAAAGATTTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGAAAAACAGCCAGAAGaaa > 2:2938870/1‑140 (MQ=255) tttGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCaa < 2:3344520/140‑1 (MQ=255) ttGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTTCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTTTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAATAGCCAGAAGAAATCaaa > 2:297755/1‑140 (MQ=255) ttGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGGTGTTTTTTGCGATTATAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATAGTAGAAAAATATCCAGAAGAAATCaaa > 2:1682206/1‑140 (MQ=255) tgACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGc < 1:3065953/140‑1 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1:2542245/1‑140 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTTCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCGTCGCATCGTAGACAAATAGCCAGAAGAAATAAAAGGCACCGTTGTGATTGTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACcg > 1:2123507/1‑140 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTTTGATTTTGGCGGTAGCCGGTGTTACTAAcg > 1:718498/1‑140 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGGCTGTAGCCGGTGTTACTAccc > 2:3111260/1‑139 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACcg < 1:124897/140‑1 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGGAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTTTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACcg > 1:869554/1‑140 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATAACTACACAGCTGTAGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGACCCACAAGAAATCAAAGGCACCGTTGTGATTGTGCCAGTAGCCGGTGTTACTAccc > 2:2239453/1‑139 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAAACACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCTCATCGTAGACAAACAGCCACAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTTTGCCTGTATCCGGTGTtactaaag > 1:3280726/1‑137 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTGTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCCCTACACAGCTGGCGGTGAACAGCGTCGCATCGGAGACACAGAGCCAGGCGAAATCACAGGCACGGGTGTGGTTGTGCCTGTAGCCCGTGTTTCTACcg > 1:560893/1‑140 (MQ=255) tATGCCTATCGTCGTGTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACcg > 1:2620242/1‑140 (MQ=255) tcgtcgTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACAAAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGCCGGTAGACGGTGTTACTAGCGTCGTGcca > 2:2633007/1‑138 (MQ=255) | AAACCAAAAGGGTGGATCGGAAAAATGCTGATCAACTCCTGCGGCGCTTTGATTTCGTTTATGGTTCTGTCGATCCTGTTTGTGACGAAGTTTAATGTTGTATGGCCTGTGTTAATCTTTATGCCTATCGTCGTTTTGCTGTTTTTTGCGATTAAAAATCACTACACAGCTGTCGGTGAACAGCTTCGCATCGTAGACAAAGAGCCAGAAGAAATCAAAGGCACGGTTGTGATTGTGCCTGTAGCCGGTGTTACTACCGTCGTGCAA > NZ_CP034943/484916‑485182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |