| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,976,142 | C→A | 5.4% | E22* (GAA→TAA) | rlmH ← | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,976,142 | 0 | C | A | 5.4% | 645.1 / 4.3 | 250 | E22* (GAA→TAA) | rlmH | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/157); new base A (18/4); total (89/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GATTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATT > NZ_CP034943/3976005‑3976275 | gATTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTTGGCCGAAAGTCTTTTCGTGTAttctt > 2:2867810/1‑140 (MQ=255)gATTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTattatt > 2:2273581/1‑140 (MQ=255) aTTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTAttcttc < 1:3207881/140‑1 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCGTTTTCGTCCGGGGGTTAGATGATTTCGATTTTTGCGGAGGCCCAAAGTCGGTTAGTGTATTATTAAATgacgttc > 1:648537/1‑134 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |