Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 606,939 | C→T | 6.7% | R98H (CGC→CAC) | dxs ← | 1‑deoxy‑D‑xylulose‑5‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 606,939 | 0 | C | T | 6.7% | 197.4 / 3.3 | 60 | R98H (CGC→CAC) | dxs | 1‑deoxy‑D‑xylulose‑5‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/34); new base T (2/2); total (24/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 |
CAATGGCCATGCCCAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGCCCACC > ACB122/606805‑607072 | caATGGCCATGCCCAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGgc < 3:12708/135‑1 (MQ=255) cATGCCCAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGt < 6:202484/135‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAg < 8:221174/135‑1 (MQ=255) cAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGAt > 4:21252/1‑135 (MQ=255) cAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGAt > 3:227836/1‑135 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATGGTGGTGCTGGAGGGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGTCTCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGTATCt < 8:67454/135‑1 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCt < 6:14515/135‑1 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCt < 5:193992/135‑1 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCt < 5:20262/135‑1 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCt < 1:237269/135‑1 (MQ=255) gcgcGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCt < 8:71804/135‑1 (MQ=255) gcggcgCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTtg > 1:191957/1‑135 (MQ=255) ggcgCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTtgtg > 1:165359/1‑135 (MQ=255) ggcgCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCATTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCAGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGCTCTtgtg > 5:294506/1‑135 (MQ=255) gAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGcc > 8:271578/1‑135 (MQ=255) tGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGt < 3:132954/135‑1 (MQ=255) cTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCTCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGc < 6:188395/135‑1 (MQ=255) cTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTga < 7:48683/135‑2 (MQ=255) tGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGcc < 2:140517/135‑1 (MQ=255) tGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGcc < 3:21252/135‑1 (MQ=255) tGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGcc < 4:259608/135‑1 (MQ=255) tGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGc < 3:11008/134‑1 (MQ=255) tGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGGCGTACTCGCTTGCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGcc < 5:192349/135‑1 (MQ=255) aaCGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGTGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCca > 4:39662/1‑135 (MQ=255) aaCGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTccc > 8:238409/1‑134 (MQ=255) aaCGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCca > 3:88267/1‑135 (MQ=255) aaCGACAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGTGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCca > 8:271971/1‑135 (MQ=255) aCGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCcac < 2:258916/135‑1 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAgg > 3:73389/1‑100 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAgg > 3:69193/1‑100 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAgg < 4:69193/100‑1 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAgg < 4:73389/100‑1 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTcc > 7:121092/1‑135 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTcc > 2:155154/1‑135 (MQ=255) tACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTcc > 1:10582/1‑135 (MQ=255) tttCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt < 8:245191/135‑1 (MQ=255) tttCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt < 7:271578/135‑1 (MQ=255) tttCGATGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCTGTCGTCCGGGgtgt < 4:82159/135‑1 (MQ=255) gttCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt < 2:165359/134‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTc > 2:118297/1‑135 (MQ=255) cGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt > 3:23247/1‑132 (MQ=255) cGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt < 2:280057/132‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt < 4:23247/132‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGgtgt > 1:280057/1‑132 (MQ=255) cTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGTGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAac < 3:39662/135‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGTGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAac < 7:271971/135‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGCTCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGaa < 6:21436/134‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAac < 8:28453/135‑1 (MQ=255) gcgGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATGTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGt < 2:66887/135‑1 (MQ=255) gcgGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGt < 6:150286/135‑1 (MQ=255) gcgGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGt < 6:243222/135‑1 (MQ=255) cgcgATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGATCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACTTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGAt < 4:227836/135‑1 (MQ=255) ccGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACCCCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGc > 5:260474/1‑135 (MQ=255) gTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGGAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTc < 4:76773/135‑1 (MQ=255) ttCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATg > 4:89999/1‑135 (MQ=255) cTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCg > 4:35744/1‑135 (MQ=255) aTGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGCCGCCCAGACCGGCGcc > 2:20914/1‑134 (MQ=255) ggTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAAt < 2:111999/135‑1 (MQ=255) ttACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGc > 6:30624/1‑135 (MQ=255) ttACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGc < 7:238409/135‑1 (MQ=255) ttACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGc > 6:212293/1‑135 (MQ=255) gcgcCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGCCCAcc > 1:135881/1‑135 (MQ=255) gcgcCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCAGCACCAAAATGCCCAcc < 4:267753/135‑1 (MQ=255) | CAATGGCCATGCCCAGCGCGGCGCTGATCGAGGTGCTGGAGTGGCCAACGCCAAAGGTGTCGTACTCGCTTTCGCTGCGGCGCGGGAAGGCCGCGATACCGTCCTTCTGGCGCAGGCTGAGCATGCGGTTACGGCGCCCGGTGAGGATCTTGTGCGGGTAGGCCTGGTGCCCCACGTCCCACACCAACCGGTCGTCCGGGGTGTCGAACACGTAGTGCAGGGCGATGGTCAGCTCGATGACGCCCAGACCGGCACCAAAATGCCCACC > ACB122/606805‑607072 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |