| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 5,345,991 | A→C | I482S (ATC→AGC) | pnp ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 5,345,991 | 0 | A | C | 96.8% | 231.0 / ‑4.6 | 62 | I482S (ATC→AGC) | pnp | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (31/29); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGATGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGCCATGGAGCTG > ACB143/5345862‑5346122 | cccAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCAGCCAGGCTgtca > 4:38827/1‑135 (MQ=255)cccAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTgtca > 8:76691/1‑135 (MQ=255)cccAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTgtca > 1:15855/1‑135 (MQ=255)cccAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAACTCAATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTgtca > 8:339678/1‑135 (MQ=255) cAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTgtcag > 8:186605/1‑134 (MQ=255) cGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCAGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGa < 2:367856/135‑1 (MQ=255) tCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGATCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGc > 2:408033/1‑134 (MQ=255) tCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACATTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGc > 4:367112/1‑134 (MQ=255) ccATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTCACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGATGTCAGTCAGGCCAGCGa > 7:119269/1‑135 (MQ=255) ctctTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 8:290149/134‑1 (MQ=255) ttCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGcct > 5:309214/1‑136 (MQ=255) tCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 2:80011/130‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 2:80354/130‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 1:69161/130‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 1:62637/130‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACACATTCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGt < 8:284560/130‑1 (MQ=255) ggTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGcct < 2:301610/133‑1 (MQ=255) gTGATGCCGATGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGCTGACGCCATTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCAGTCAGTCAGGACTGCGAACATGTCGccttcc > 7:210010/1‑135 (MQ=255) tGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGccttcctt < 6:393201/136‑1 (MQ=255) gATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGccttcctt < 2:322473/135‑1 (MQ=255) gATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGccttcctt < 7:132235/135‑1 (MQ=255) cGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTAGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCa > 2:178085/1‑135 (MQ=255) gTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAg < 3:403178/135‑1 (MQ=255) ttGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAgg > 2:53188/1‑135 (MQ=255) ttGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACATGTCGCCTTCCTTGACCAgg > 4:363679/1‑135 (MQ=255) cTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCAt > 3:72093/1‑135 (MQ=255) aTCTGCAGCGCGGTGACGACTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCAAGGTGGTCTTAGTCACCCAGTCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGACTTCCTTGACACGGCCCATGGCTATACCgg > 6:286219/1‑136 (MQ=255) cTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCgg > 4:155862/1‑134 (MQ=255) aGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGc < 3:180153/131‑1 (MQ=255) gcgcGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCg < 1:116152/135‑1 (MQ=255) cgGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGgcg > 7:305674/1‑135 (MQ=255) cgGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGgcg > 3:371281/1‑135 (MQ=255) tGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCtt > 5:288560/1‑136 (MQ=255) tGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCt > 3:286713/1‑135 (MQ=255) ggCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGca < 7:200813/134‑1 (MQ=255) cGGTACCGGCTACCGTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGGCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGcaca < 3:33309/134‑1 (MQ=255) ggTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACAcc > 7:271739/1‑135 (MQ=255) gTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCg < 3:169468/135‑1 (MQ=255) ggCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAA‑TTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTcc < 2:416189/135‑1 (MQ=255) gCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTcc < 1:15105/135‑1 (MQ=255) gCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTcc < 8:305674/135‑1 (MQ=255) cTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATc < 8:368494/133‑1 (MQ=255) tCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAgg > 5:329629/1‑135 (MQ=255) tCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAgg > 5:39130/1‑135 (MQ=255) tCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAg > 3:213751/1‑134 (MQ=255) ccATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAgg > 2:199468/1‑134 (MQ=255) ccATGTCGCCCAGGTGGGCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAggg < 1:111025/135‑1 (MQ=255) gTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGc > 4:163557/1‑135 (MQ=255) gTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGc > 2:44080/1‑135 (MQ=255) cGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCAc > 4:262683/1‑135 (MQ=255) cAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCa < 1:323837/135‑1 (MQ=255) aGGTGGTCTTCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAg > 3:285922/1‑135 (MQ=255) gtggtCTTCGGCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGAc < 8:159599/135‑1 (MQ=255) ttCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAg > 3:122803/1‑134 (MQ=255) ttCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGc < 2:320709/135‑1 (MQ=255) ttCGTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGc > 6:389239/1‑135 (MQ=255) gTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGcc < 1:172535/133‑1 (MQ=255) gTCACCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAAATTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGc < 4:222550/132‑1 (MQ=255) gTCACCCAGGATGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGc < 8:119269/132‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGCCATGGa > 2:305095/1‑135 (MQ=255) ccAGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGCCATGGAGc < 7:279590/135‑1 (MQ=255) aGGCTGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGCCATGGAGCTg < 3:135665/135‑1 (MQ=255) | CCCAGGGCGATTTCCATGATCTCTTCGGTGATGCCGTTGATCTTGATGTCCATCTGCAGCGCGGTGACGCCTTTGGCGGTACCGGCTACCTTGAAGTCCATGTCGCCCAGGTGGTCTTCGTCACCCAGGATGTCAGTCAGGACTGCGAACTTGTCGCCTTCCTTGACCAGGCCCATGGCGATACCGGCAACCGGCGCCTTCATCGGCACACCGGCGTCCATCAGGGCCAGGGAAGCACCGCAGACCGAAGCCATGGAGCTG > ACB143/5345862‑5346122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |