Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB143 | 2,076,865 | 0 | T | G | 38.6% | 60.8 / 10.4 | 57 | G154G (GGT→GGG) | CJ019_01978 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/17); new base G (0/22); total (18/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGGTGTGGAACGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGCACCACA > ACB143/2076737‑2076995 | gCGGTGTGGAACGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCg > 5:285296/1‑136 (MQ=255) tggggAACGGGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGTGGGCCGAGCGGCGTCATGCCGGGCCGTGGCGGGGGGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCTTGGGGGGGTGGTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGt < 6:305580/133‑1 (MQ=255) ggtgtAACGGGGTGCGGATGTTCATGAAGGGGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGGCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCGGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGGTTGTTCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGt < 2:29539/135‑1 (MQ=255) ggtgGACCGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGGCGCCGCCTAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGGGGGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGt < 1:86967/135‑1 (MQ=255) gggggAACGGGGTGCGGATGTTCATGAAGGGGGCGCCGCCGCGTGCCGAGCTGCGTCATGCCGGGCGGTGGCGGGGTGGGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGGGGGTGGGGCCGGGGt < 8:140636/133‑1 (MQ=255) ggAACGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGc > 7:49098/1‑136 (MQ=255) gAACGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGcc > 8:127575/1‑136 (MQ=255) gggggATTTTCATGAAGGTGGCGCCGCCGAGTGCCGCGCTGCGACTTGCGTGGCCGTGGCTGGGTGTGCGGGGCTGCTTTGCGGGAACCATGGGGGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGAt < 8:49098/133‑1 (MQ=255) cGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCCCCCCgcac > 1:176617/1‑132 (MQ=255) ggATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCt > 7:206195/1‑136 (MQ=255) aTGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGa > 1:128976/1‑136 (MQ=255) tGTTCATGAAGGTGGCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGTGTTGTTTTTTCCTTGGTAGCCACGCCGATCCTGa < 2:75235/135‑1 (MQ=255) aGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCGGTGGCGGGGTGGGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGGGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGtt < 5:147704/136‑1 (MQ=255) ccgccgAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCt > 3:33581/1‑135 (MQ=255) ccgccgAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTa > 3:60811/1‑136 (MQ=255) aGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGGTTGTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAgg < 6:237455/136‑1 (MQ=255) gggCCGCGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCTTGGGCGGGTTGTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAggt < 4:81727/134‑1 (MQ=255) cGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTAGCGCAGGGGCTGTCActggc > 8:271356/1‑136 (MQ=255) gCTGGGTGGGCTGGGCAGGTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTGCGGGGGGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCActggcgctg < 4:33581/136‑1 (MQ=255) cTGGGTGAGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCCGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCCATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCGACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGGAActggcgctgg > 4:127110/1‑136 (MQ=255) tGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCActggcgctggc > 3:301157/1‑136 (MQ=255) tGGGGGGGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTGCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCActggcgctggc < 4:351949/136‑1 (MQ=255) gtgCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGgcgc < 6:126547/136‑1 (MQ=255) gggCTGGGCAGCTATGCCGGCACCAGGGCGGGCGTGGTCGGGTTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGCCCAGTGTGTGTGGCGCGACTCAGGTGGTGGCGCAGGTGCTGTCACTGGCGCTGGCGgcgc < 4:87114/134‑1 (MQ=255) tgCTGGGAAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTCTTTGGCGCTAATCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGCCGCTGCCGGCGcc > 1:342839/1‑136 (MQ=255) ggggCAGCTTTGCCGGCACCTGGGGCTGCTTGTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAg < 2:16767/135‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTGGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCtt < 6:87740/136‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCtt < 4:150984/136‑1 (MQ=255) tGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGt > 1:285070/1‑135 (MQ=255) ggggaCCAGGGGCGGCTTGTTGGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 8:302757/132‑1 (MQ=255) gggCACCAGGGGCGGCTGGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 7:127575/135‑1 (MQ=255) cGGCACCATGGGGGGGTGGTTGGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 2:176617/136‑1 (MQ=255) cGGCACCATGGGCGGTTTGTGGGGGGTGGGGGGGGCCGGGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 8:206195/136‑1 (MQ=255) cGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 7:167808/136‑1 (MQ=255) cGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 3:263657/136‑1 (MQ=255) cGGCACCATGGGCGGCTTGTGCGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 6:198597/136‑1 (MQ=255) cGGCACCAGGGGCGGCTTGTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACg < 4:104911/136‑1 (MQ=255) gctccAGGGGCGGCTTGTTGGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 8:311609/133‑1 (MQ=255) gcgccATGGGCGGGTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 7:44397/133‑1 (MQ=255) gatccttGGGCGGCTGGTGCGGGGGGTGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGGGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCGGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 7:321994/130‑1 (MQ=255) gCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 6:285296/136‑1 (MQ=255) gCACCAGGGGGGGGTTGTTGGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 4:301157/136‑1 (MQ=255) ccATGGGCGGCTTATTCGGGGGGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGt < 8:324713/136‑1 (MQ=255) aggggCGGCTTGTTCGGGGGGGTGGGGGCCTTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCGGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGa < 1:94847/134‑1 (MQ=255) aTGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGa > 8:252139/1‑136 (MQ=255) aTGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGa > 1:134529/1‑136 (MQ=255) aTGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGa > 3:202249/1‑136 (MQ=255) cggggtGTTGGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGGGGGGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTAt < 7:201768/131‑1 (MQ=255) cggcTGGTTCGGGGGGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTAt < 6:258142/136‑1 (MQ=255) gtggTTCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGc < 5:223400/133‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGc < 1:61650/136‑1 (MQ=255) cTTGTGCGGGGGGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGc < 5:205230/136‑1 (MQ=255) gTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTg > 6:51189/1‑136 (MQ=255) cGGGGTGGGTGGGGCCGGGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGca < 7:41036/135‑1 (MQ=255) cGGGGTGGGGGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGca < 1:72036/135‑1 (MQ=255) cGGGGGGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGca < 4:119000/135‑1 (MQ=255) ggggggggggggGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt < 3:107218/116‑1 (MQ=255) ggggTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCt > 4:107218/1‑116 (MQ=255) ggggggtgggGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGGGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGcaccac < 2:355212/133‑1 (MQ=255) ggggggggggCCGGGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGCACcaca < 6:110125/134‑1 (MQ=255) | GCGGTGTGGAACGTGGTGCGGATGTTCATGAAGGTGTCGCCGCCGAGTGCCGAGCTGCGTCATGCCTGGCCGTGGCTGGGTGTGCTGGGCAGCTTTGCCGGCACCATGGGCGGCTTGTTCGGGGTGGGTGGGGCCGTGGTAGCCACGCCGATCCTGACCAGTGTGTTTGGCGCTACTCAGGTGGTGGCGCAGGGGCTGTCACTGGCGCTGGCGGCGCCGAGTACCTTGGTCACGCTGGTGACCTATGGCGTGCACCACA > ACB143/2076737‑2076995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |