| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 3,257,672 | T→C | 11.4% | intergenic (‑86/‑215) | mcpP ← / → uppP | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpP/Undecaprenyl‑diphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 3,257,672 | 0 | T | C | 11.4% | 96.3 / 4.5 | 35 | intergenic (‑86/‑215) | mcpP/uppP | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpP/Undecaprenyl‑diphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/11); new base C (2/2); total (22/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
GCCGACTGATTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCAACAGTCGCTGTA > ACB143/3257553‑3257804 | gcCGACTGATTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCTAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCt < 6:204827/136‑1 (MQ=255) cTGATTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGGTCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAAc < 4:213434/136‑1 (MQ=255) aTTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGGTCCCGGATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACg < 5:29380/134‑1 (MQ=255) aTTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACg < 6:185780/134‑1 (MQ=255) aCATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAg < 3:166155/136‑1 (MQ=255) atccatcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCCATGTTgg < 6:142896/95‑1 (MQ=255) atccatcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCCATGTTgg < 6:142897/95‑1 (MQ=255) atccatcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCCATGTTgg > 5:142896/1‑95 (MQ=255) atccatcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACACTACTAATGGCTAAGTGCTATGTAGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGATCGATTGACACgggg > 8:56222/1‑136 (MQ=255) atccatcAGCTCCAGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCCATGTTgg > 5:142897/1‑95 (MQ=255) tccatcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGc < 4:35038/136‑1 (MQ=255) atcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGctct < 2:161795/136‑1 (MQ=255) atcAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGctct < 2:160405/136‑1 (MQ=255) tATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAg < 5:214663/135‑1 (MQ=255) aTTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGa < 1:191036/135‑1 (MQ=255) aTTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGAt > 8:13532/1‑136 (MQ=255) aTTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGCCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGAt > 2:242718/1‑136 (MQ=255) gCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCtt > 1:146731/1‑136 (MQ=255) cGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTaa > 7:169545/1‑135 (MQ=255) gCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTg > 8:140102/1‑135 (MQ=255) tttGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAAc > 8:35182/1‑136 (MQ=255) gTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTc > 2:84269/1‑135 (MQ=255) cccACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACGTTGAACAGGCGTGAGCTTTGCTTCTgg > 8:98615/1‑136 (MQ=255) 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aaTGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCaa > 5:286517/1‑135 (MQ=255) aaTGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCaa > 7:278946/1‑135 (MQ=255) aaTGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCaa > 1:10322/1‑135 (MQ=255) gCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCAACAGTc > 1:116271/1‑136 (MQ=255) gCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCAGCAGTCGCTGTa > 2:8857/1‑135 (MQ=255) gCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCAACAGTCGCTGTa > 4:71838/1‑135 (MQ=255) | GCCGACTGATTGACATCGATCTCAGAGTGTTCATCCATCAGCTCCCGCATTGTTCTTTTTATTGAGGTGCATCGAAGCATGCTTTGCAGTGAGCCCACACCCGACTAATGGCTAAGTGCTATGTTGGTGATAGTCTGCAACGGGTCAGGTAGAGCGATTGCCAAGGGGCTCTGTCAGGATTTCGGCCGCGCAAGATGAAACCTTTAACAGGCGTGAACTTTTCTACTGGCGTTGCGCCCAACAGTCGCTGTA > ACB143/3257553‑3257804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |