| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 464,249 | A→G | 16.0% | V579A (GTG→GCG) | rpoD ← | RNA polymerase sigma factor RpoD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 464,249 | 0 | A | G | 16.0% | 160.1 / 22.6 | 65 | V579A (GTG→GCG) | rpoD | RNA polymerase sigma factor RpoD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/35); new base G (3/7); total (23/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
GGCCGGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATC > ACB143/464118‑464383 | ggCCTGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGGCGGGTGGAGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGTATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCctc < 8:71360/136‑1 (MQ=255)ggCCGGGGTTTTTTCATCACTGGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGGGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGTTCTGTCGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCctc < 8:65670/136‑1 (MQ=255) cGGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTc > 3:121745/1‑136 (MQ=255) cGGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTc > 1:123792/1‑136 (MQ=255) cGGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTc > 6:129241/1‑136 (MQ=255) ttttGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCATCTTGCGCAACGCCTTCGCGTAGATATGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCACACTGCTTGCCCTCCGCGTCGAggg > 8:290073/1‑136 (MQ=255) ttttGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATATGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTAGacgc > 6:131939/1‑133 (MQ=255) gTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGgtgt < 2:221991/135‑1 (MQ=255) gTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGgtgt < 7:78181/135‑1 (MQ=255) tcatcaCTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCATCGAGGGTGTgg > 2:112718/1‑136 (MQ=255) aCTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGgt < 5:63936/136‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGGAAGGAGAGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCCCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTTCGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGgtg > 5:11443/1‑136 (MQ=255) cgtcgAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGtt > 7:277323/1‑136 (MQ=255) aggaaggaGCGCAGGTGCTCTCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGt > 1:119394/1‑136 (MQ=255) aggaaggaGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGt < 7:48588/136‑1 (MQ=255) aggaaggaGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGt > 2:242380/1‑136 (MQ=255) gaGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATAc < 5:80400/136‑1 (MQ=255) gaGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATAc < 3:192396/136‑1 (MQ=255) aGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATaac > 2:94567/1‑134 (MQ=255) cAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGaaa < 4:385363/136‑1 (MQ=255) cAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGaaa < 4:379426/136‑1 (MQ=255) tGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGGTCCGCTCACGCGTTACGTGAAACGGCTTGCCCACCACTTAGAGGGTGTGGTGGGTGTTGATGTGGATTACGAAACGc > 2:204162/1‑135 (MQ=255) gCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGAGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCAt > 8:90019/1‑136 (MQ=255) cTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGGAGCTTGCGCTACGCCTTCGGTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTGAAACTGCTTGCCCGACTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGTTACCGATACGCATg < 1:192224/136‑1 (MQ=255) cTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCAt < 5:235717/135‑1 (MQ=255) cTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATg < 6:11177/136‑1 (MQ=255) cTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATg < 7:154186/136‑1 (MQ=255) gCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATgcg > 8:200525/1‑135 (MQ=255) gCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATgcg < 7:205304/135‑1 (MQ=255) gCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATgc < 1:404038/134‑1 (MQ=255) gCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATgc < 1:398575/134‑1 (MQ=255) gAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCAc > 5:132534/1‑136 (MQ=255) gcgcAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCa < 7:127160/136‑1 (MQ=255) gcgcAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCa < 3:258578/136‑1 (MQ=255) aGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTGATGTCGATAACGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTg > 1:173790/1‑136 (MQ=255) gCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGc < 2:256983/136‑1 (MQ=255) cTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCg < 1:89253/136‑1 (MQ=255) cgcAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTc < 6:371043/135‑1 (MQ=255) cAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAgg < 6:83480/136‑1 (MQ=255) cAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAgg < 1:242380/136‑1 (MQ=255) ccTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCga < 2:7115/136‑1 (MQ=255) ccTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCga < 1:204162/136‑1 (MQ=255) cttcgATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCAc > 4:183446/1‑136 (MQ=255) cttcgATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCAc > 7:230186/1‑136 (MQ=255) tGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACggg > 6:35175/1‑136 (MQ=255) aCGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACggg < 4:26351/134‑1 (MQ=255) aCGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGt < 4:121745/135‑1 (MQ=255) cGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTcc < 1:74734/135‑1 (MQ=255) cGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTcc < 6:132534/135‑1 (MQ=255) cTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTg < 5:29945/136‑1 (MQ=255) ttACGTCAAACTGCTTGCCCGCCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTc > 2:106898/1‑136 (MQ=255) aaCTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTgg < 5:40295/136‑1 (MQ=255) ttcTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCa < 6:306479/134‑1 (MQ=255) gCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAAc > 2:297094/1‑51 (MQ=255) gCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAAc < 1:297094/51‑1 (MQ=255) cgtGCCCAACTCTTCGTGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGGCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTTAGGCTTTCGTCCGTGGCCa < 3:84989/132‑1 (MQ=255) cTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCa < 1:104311/134‑1 (MQ=255) gCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGt < 4:177334/134‑1 (MQ=255) gCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTc > 1:375530/1‑135 (MQ=255) ccACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCa < 7:47085/129‑1 (MQ=255) ccACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCa > 8:47085/1‑129 (MQ=255) cACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGCTACCGAAACGCAGGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATc < 8:97948/136‑1 (MQ=255) cACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATc < 1:254771/136‑1 (MQ=255) cACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATc < 5:109217/136‑1 (MQ=255) cACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATc < 4:174136/136‑1 (MQ=255) | GGCCGGGGTTTTGTCATCACTCGTCGAGGAAGGAGCGCAGGTGCTCGCTGCGAGTCGGGTGGCGCAGCTTGCGCAACGCCTTCGCTTCGATCTGACGGATCCGCTCACGCGTTACGTCAAACTGCTTGCCCACCTCTTCGAGGGTGTGGTCGGTGTTCATGTCGATACCGAAACGCATGCGCAGCACCTTGGCTTCACGTGCGGTCAGGCCCGAGAGCACGTCACGGGTGGCTTCCTTGAGGCTTTCGACCGTGGCCACGTCGATC > ACB143/464118‑464383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |