| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 2,775,009 | C→T | 43.6% | A112T (GCC→ACC) | iscS_2 ← | Cysteine desulfurase IscS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 2,775,009 | 0 | C | T | 43.6% | 17.2 / 47.5 | 39 | A112T (GCC→ACC) | iscS_2 | Cysteine desulfurase IscS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/15); new base T (8/9); total (15/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTG > ACB143/2774885‑2775138 | aCCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGa < 8:4543/136‑1 (MQ=255)aCCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGa < 1:320616/136‑1 (MQ=255)aCCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGa < 6:68920/136‑1 (MQ=255)aCCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGGCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTGGCAGGCGGGATCCGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGa < 6:64183/136‑1 (MQ=255) aTCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACgg < 4:176278/136‑1 (MQ=255) cAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGcc > 4:81233/1‑136 (MQ=255) gggTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAgctg > 4:288306/1‑136 (MQ=255) tCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCCCGGTGTCGAGAACGGCCTTGTGTTCCAGctggctgg > 5:190917/1‑136 (MQ=255) gcgcgcAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGa < 6:44950/136‑1 (MQ=255) gcgcgcAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGa < 6:141596/136‑1 (MQ=255) gcgcAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGAt > 5:247469/1‑135 (MQ=255) cAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAgg < 5:292120/136‑1 (MQ=255) aaCGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCTCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCGCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCTCGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGgt < 2:260527/136‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGgtgt > 7:30055/1‑136 (MQ=255) tgcctgcACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCg < 8:110863/136‑1 (MQ=255) gcACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTg > 3:207423/1‑136 (MQ=255) cacaCTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCAGCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTgg < 4:214400/136‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGAt < 6:139350/134‑1 (MQ=255) aGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCt > 2:68954/1‑136 (MQ=255) aGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCt > 5:259778/1‑136 (MQ=255) gCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTg > 8:296917/1‑136 (MQ=255) cgggATCCGGCCATCGGCATCGGCTGCCTGGCGGGGGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTgg < 5:196177/134‑1 (MQ=255) cTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTgg < 7:92579/136‑1 (MQ=255) cTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTgg < 1:100306/136‑1 (MQ=255) aTCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCaa > 7:34762/1‑136 (MQ=255) cGGCTTCCGGTGCCAGGGGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTGGGCGACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGa < 8:235099/135‑1 (MQ=255) gCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAgcg < 1:201214/136‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCGAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGcc < 4:188130/136‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGcc < 6:180053/136‑1 (MQ=255) gCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGgt > 6:264677/1‑136 (MQ=255) gCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGTTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGgt > 5:32880/1‑136 (MQ=255) aCGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTcg > 1:115215/1‑136 (MQ=255) ggCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTcgcg < 6:155748/136‑1 (MQ=255) gCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCgcgc < 7:296917/136‑1 (MQ=255) gCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCgcgc < 7:286350/136‑1 (MQ=255) cAGCCCTGACGTTCCCGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCg < 6:303075/136‑1 (MQ=255) cAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCg < 5:125727/136‑1 (MQ=255) atCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGCCCTTGTGTTCCAGCAGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCGAGGTCAATAcc > 4:20345/2‑136 (MQ=255) gCTCGGTCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAgctg > 7:276265/1‑136 (MQ=255) | ACCGCCATCAGCGATACCAGGCGGGTGTCAGCGCGCAACGCTGCCTGCACACTTGCAGGCTGGATCAGGCCATCGGCATCCGCTGCCAGGCGGGTGACGGCCCAGCCCTGACGTTCCAGCTCGGCCACGGTGTCGAGCACGGCCTTGTGTTCCAGCTGGCTGGTGATCAGGTGTCCGGGCTGGCCGATGCCTTGGGCAATACCCTTGAGCGCCAGGTTGTTGGACTCGGTCGCGCCCGAGGTCCATACCAGCTG > ACB143/2774885‑2775138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |