| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 3,815,010 | G→A | 33.9% | A405V (GCG→GTG) | ttuB_3 ← | Putative tartrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 3,815,010 | 0 | G | A | 33.9% | 68.2 / 55.3 | 59 | A405V (GCG→GTG) | ttuB_3 | Putative tartrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/18); new base A (11/9); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
TCAAGTCGTCGGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGATCAGC > ACB143/3814875‑3815138 | tCAAGTCGTCGGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTATTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAgcg < 5:68605/136‑1 (MQ=255)tCAAGGCGTCTGACAGGCGTTTATACAGGCCGATGCGCTTCTTCATTTCAGGTTTCATAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCGGGTAATTATTGCGCGCAGCGGTAAgcg < 4:179159/136‑1 (MQ=255) aaGTCGGCGGTCAGGCTTTTATACCGGACGATTCGCTTCTTCATTGCTGGTTTCCTAATGGTTCTTGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGcc < 4:171121/136‑1 (MQ=255) aaGTCGGCGGACAGGCTTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGCCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCAAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGcc < 3:216720/136‑1 (MQ=255) tcgtcgGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACt < 4:55159/136‑1 (MQ=255) gtcgGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGc < 6:142843/136‑1 (MQ=255) gtcgGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTg > 2:153044/1‑135 (MQ=255) ggACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGt > 2:149691/1‑136 (MQ=255) gACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGt > 2:170718/1‑135 (MQ=255) gACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTc > 8:66032/1‑136 (MQ=255) ggCGTTTATACAGGCCGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGCGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTcagca < 7:128892/136‑1 (MQ=255) ggCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTcagca < 2:319962/136‑1 (MQ=255) gTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAgcg < 1:18144/136‑1 (MQ=255) gTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAgcg < 3:59780/136‑1 (MQ=255) tatcCAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTACCTAATGGTGCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGca < 3:206228/135‑1 (MQ=255) gACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTATTGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 3:248478/136‑1 (MQ=255) gACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 2:262973/136‑1 (MQ=255) gACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 5:136020/136‑1 (MQ=255) gACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 1:153044/136‑1 (MQ=255) cGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCCGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAGGa > 5:202080/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACTCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 3:228404/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 5:135806/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 8:296825/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 6:124502/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 3:238964/1‑136 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACt > 3:103604/1‑110 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACt < 4:103604/110‑1 (MQ=255) gATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGaa > 7:221600/1‑136 (MQ=255) tCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCATAATGGTTAATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCGGGCCTGAGGGCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACa < 3:141049/135‑1 (MQ=255) gCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAgg > 1:35329/1‑135 (MQ=255) gCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAgg > 3:212193/1‑135 (MQ=255) tcttcATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGt > 4:250810/1‑133 (MQ=255) ttcATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCCCACATGAACAGGTAagag > 6:48969/1‑136 (MQ=255) tCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGgcccgc > 4:99388/1‑136 (MQ=255) ccTAATGGTTCAGGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGCGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGgcccgc < 2:85024/135‑1 (MQ=255) cTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGgcccgccc > 2:247369/1‑136 (MQ=255) aaTGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGt < 6:281287/136‑1 (MQ=255) gTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGCGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGcc < 8:216233/136‑1 (MQ=255) tCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGCGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAAGAACAGGTAAGAGGCGCCGTGCCCGCCCGTAGcca > 6:179995/1‑134 (MQ=255) tCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGccc > 7:254330/1‑135 (MQ=255) agggCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCTTGCACGCCCGTAGcccct < 7:168675/133‑2 (MQ=255) gcgATCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCGGGGAAGTATTGCGCGCAGGGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGcc < 1:127319/136‑1 (MQ=255) gcgAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 4:317737/88‑1 (MQ=255) gcgAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt > 3:317737/1‑88 (MQ=255) gcgAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGcc > 1:141882/1‑136 (MQ=255) gcgcTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCa < 6:260423/135‑1 (MQ=255) cTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGGAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCAGTGAGGTAGCCCACCCGCCACGAg > 2:285819/1‑136 (MQ=255) ccGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAgccgcc > 5:197540/1‑135 (MQ=255) ccGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAgccgcc > 2:256262/1‑135 (MQ=255) agGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGcc < 4:238964/136‑1 (MQ=255) cTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAgc < 3:94397/136‑1 (MQ=255) gAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGccc < 1:180695/136‑1 (MQ=255) tGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCt > 1:11661/1‑136 (MQ=255) gcAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt < 8:186895/41‑1 (MQ=255) gcAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACAt > 7:186895/1‑41 (MQ=255) ccgCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACCAGAACCGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGGAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGAt < 5:179995/134‑1 (MQ=255) aGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGAt > 1:53418/1‑135 (MQ=255) aGCGGTAAGCACCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGAt > 2:296666/1‑135 (MQ=255) ggTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAACCGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGATCAgc > 6:213009/1‑136 (MQ=255) ggTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGATCAgc > 2:296210/1‑136 (MQ=255) ggTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCAAGCGCCCCCATGCTGTTGATCAgc > 3:210467/1‑136 (MQ=255) | TCAAGTCGTCGGACAGGCGTTTATACAGGACGATTCGCTTCTTCATTGCAGGTTTCCTAATGGTTCATGGCCAGACGCGAGCTATCGCGCTTTGCCCGGCCAGAGGTCTGGGAAGTATTGAGCGCAGCGGTAAGCGCCACTGCAGTCAGCAGCGCACCACACATGAACAGGTAAGAGGCGCCGGGCCCGCCCGTAGCCCCATTGAGGTAGCCCACCAGCCACGAGCCGCCAAACGAGCCCAGCGCCCCCATGCTGTTGATCAGC > ACB143/3814875‑3815138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |