| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 699,520 | Δ1 bp | 6.2% | coding (1947/2301 nt) | yebT → | Intermembrane transport protein YebT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 699,520 | 0 | T | . | 6.2% | 194.0 / 6.6 | 64 | coding (1947/2301 nt) | yebT | Intermembrane transport protein YebT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/29); new base . (2/2); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCAGCCAGCAGCCAAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCGGTAGCCGCTTC > KT2440/699386‑699655 | gTGCAGCCAGCAGCCAAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGGCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGgtg < 3:158914/136‑1 (MQ=255) agccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGtgtg < 2:4743/134‑1 (MQ=255) agccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGcc > 4:95143/1‑136 (MQ=255) agccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGc > 8:90911/1‑135 (MQ=255) agccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGc > 2:137220/1‑135 (MQ=255) agccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGAGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGcc > 4:105459/1‑136 (MQ=255) ccagcagccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCg > 6:358767/1‑135 (MQ=255) agcagacaAGAACAGTGGGCCAGAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGATGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGt < 2:101192/135‑1 (MQ=255) ccaAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCGCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTa < 3:277000/136‑1 (MQ=255) caAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTa < 7:94404/135‑1 (MQ=255) caAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCGCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTa < 6:207734/135‑1 (MQ=255) aaGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTAt < 7:71157/135‑1 (MQ=255) gCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTAc > 7:283760/1‑135 (MQ=255) gCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTAc > 5:358615/1‑135 (MQ=255) gCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACg > 3:335241/1‑136 (MQ=255) gCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACg > 4:183834/1‑136 (MQ=255) 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aCCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTggg > 7:123827/1‑132 (MQ=255) aCCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCa > 7:178945/1‑135 (MQ=255) aCCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGCCCa > 5:167234/1‑135 (MQ=255) ccGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGcc > 5:108061/1‑133 (MQ=255) cGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCTCGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTAGGGTGGGCAAGTTTACAGGCTTCGAGCGGGGCCaga < 1:49935/135‑1 (MQ=255) aGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAgcg > 2:14535/1‑135 (MQ=255) 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> 7:38310/1‑135 (MQ=255) cAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCt > 3:46756/1‑136 (MQ=255) gagGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTg < 1:305298/135‑1 (MQ=255) cGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCa < 1:296923/135‑1 (MQ=255) cTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATc > 1:66013/1‑135 (MQ=255) cTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTGCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATcc > 4:217806/1‑136 (MQ=255) tGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGGTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCTAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATcc < 6:178413/135‑1 (MQ=255) ccGCTCAGGGCGCCACGCCGTGGCGCGAGCAAGCCGGG‑G‑GCCGGTTACCTATCGTGAGGGTACGGGGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGcc < 3:46221/134‑1 (MQ=255) aCGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGG‑‑GTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGcc < 3:51069/135‑1 (MQ=255) cGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGcc < 4:252925/136‑1 (MQ=255) gTGCGCCACGCCGTGGCGCGATCACGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCt < 7:233765/135‑1 (MQ=255) cgcCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTc < 6:341286/77‑1 (MQ=255) cgcCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTc > 5:341286/1‑77 (MQ=255) cACGCCGTGGCTCAATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATgccg < 6:100668/135‑1 (MQ=255) ccGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCtt > 7:149203/1‑135 (MQ=255) cGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTg < 6:318776/135‑1 (MQ=255) gTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTTGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGTCCAGAGCGCTGTCCGCGTGCTGATTCATATCCTCCTCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGt < 3:77760/136‑1 (MQ=255) gTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGt < 4:253299/136‑1 (MQ=255) ggCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCg < 7:197828/67‑1 (MQ=255) ggCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCg > 8:197828/1‑67 (MQ=255) cTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTgg < 3:158545/47‑1 (MQ=255) cTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTgg > 4:158545/1‑47 (MQ=255) cAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCg > 8:112026/1‑134 (MQ=255) aaGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCg > 8:114325/1‑133 (MQ=255) aaGCCGGGGGGGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCGGTa < 4:57065/136‑1 (MQ=255) aGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGCCCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCGGTa > 7:103995/1‑135 (MQ=255) tgtgCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCGGTAGCCGCTTc < 4:46756/136‑1 (MQ=255) | GTGCAGCCAGCAGCCAAGAACCGTGGGCCACAGCGCGATTTCATCGCCCTGGCCGAAGCACCGGAGGTAGCAGGGCCAGAGGTCGGCCTGCCATTGACGCTCAGTGCGCCACGCCGTGGCTCGATCAAGCCGGGTGTGCCGGTTACCTATCGTGAGGTTACGGTGGGCAAGGTGACAGGCTTCGAGCTGGGCCAGAGCGCTGACCGCGTGCTGATTCATATCCTCATCGAGCCGCGCTATGCCGCCTTGGTGCGCAGCGGTAGCCGCTTC > KT2440/699386‑699655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |