| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 2,488,613 | C→G | 6.6% | R101P (CGC→CCC) | CJ019_02346 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 2,488,613 | 0 | C | G | 6.6% | 161.1 / 2.0 | 56 | R101P (CGC→CCC) | CJ019_02346 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/17); new base G (2/2); total (37/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGCAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATTCTTCTATCAGCGATTGCA > KT2440/2488479‑2488745 | ggcgCAGGCCTTATCTGCTCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCATCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCATCAGTCTGCCAGGTGGTGCAGCCGATGTATGCCTGGGTGGGGTACACCACCGGTTTCGACTttctgc < 5:123980/135‑1 (MQ=255)ggcgCAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACCGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGAGGTAGTCCTGGGTGGCGTCCCCCCCCCGTAGCGCCTtgctgc > 2:331814/1‑135 (MQ=255)ggcgCAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTtgctgc > 7:87726/1‑135 (MQ=255)ggcgCAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTtgctgc < 5:123975/135‑1 (MQ=255) cAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGGGCAc > 6:303118/1‑135 (MQ=255) cAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGGGCAc > 6:298168/1‑135 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCATAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCCCCGGTTGCGCCTTGCTGCGCCCGTTGCTGGCCGCCTgg > 6:47679/1‑135 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTgg > 7:212671/1‑135 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTgg > 8:132536/1‑135 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTgg > 5:294991/1‑135 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGc > 4:360579/1‑136 (MQ=255) cGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGc > 4:212608/1‑136 (MQ=255) gCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCCCGTTGCTGGCCGCCTGGCg > 5:230403/1‑135 (MQ=255) gCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTgg > 8:312451/1‑133 (MQ=255) gTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg < 3:212608/136‑1 (MQ=255) tAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg < 5:155469/135‑1 (MQ=255) tAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg < 1:263583/135‑1 (MQ=255) ggCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGaa < 8:87726/135‑1 (MQ=255) gCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGGGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAg < 5:303118/135‑1 (MQ=255) gCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGGGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAg < 5:298168/135‑1 (MQ=255) cTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGCCGAAGtt > 1:142301/1‑135 (MQ=255) aCCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGtt > 6:209793/1‑133 (MQ=255) gCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCCCCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGCGCCTGCCGCAGGTTCAgg > 7:330321/1‑135 (MQ=255) gCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCCGGTGCGCCTTGCTTCGGACGTTGCTGGCCGCCTGGCGCGCCGGACGAAGTTTCAgg > 5:22628/1‑135 (MQ=255) ccGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTAcc > 1:86783/1‑135 (MQ=255) ccGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCt > 4:310566/1‑136 (MQ=255) cGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCt > 8:14676/1‑135 (MQ=255) gCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGgc < 7:79381/135‑1 (MQ=255) gCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGGCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGgcg < 4:169429/136‑1 (MQ=255) gCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGgcgcgc < 5:357988/135‑1 (MQ=255) tAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGtct < 5:209793/135‑1 (MQ=255) gCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTcgcg > 8:204719/1‑135 (MQ=255) aCAGGCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGct < 1:345680/135‑1 (MQ=255) aGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGcttct < 4:117189/136‑1 (MQ=255) cTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGAAGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCttcttc > 2:105284/1‑135 (MQ=255) gCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGcc > 4:149641/1‑136 (MQ=255) cAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGcc < 2:247169/134‑1 (MQ=255) cAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGCCTTCTTCGCcca > 4:167863/1‑136 (MQ=255) ggggTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCcca > 8:107795/1‑134 (MQ=255) tGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAgg > 5:111345/1‑135 (MQ=255) gccgccGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCCCCAGggc > 6:105267/1‑135 (MQ=255) aGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCATGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCg < 5:57611/134‑1 (MQ=255) cTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCAGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACATGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTca > 8:347639/1‑134 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCCCGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCCCGGTCTCGGCTTCTTAGCCCCCCACGGCGGCACGGTCGGTGAGCCGttt > 6:250468/1‑135 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg < 6:4896/57‑1 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg > 5:4896/1‑57 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg < 6:346868/57‑1 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTg > 5:346868/1‑57 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCCCCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGttt > 2:311845/1‑135 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGtttt > 3:7621/1‑136 (MQ=255) ggCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGttt > 7:265617/1‑135 (MQ=255) tCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCGCGGCTTCTTCGCCCCCCAGGGCGGCACGGTCGGTCAGCAGtttttgc > 5:69420/1‑133 (MQ=255) ccaccaCCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCg > 7:68411/1‑135 (MQ=255) ccaccaCCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCACGGCGGCACTGTCGGTCAGCAGTTTTTACg > 6:1429/1‑135 (MQ=255) gggtGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATtcttct < 6:286254/132‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATtcttct < 6:294991/135‑1 (MQ=255) gcgcCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGa < 7:278370/124‑1 (MQ=255) gcgcCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGa > 8:278370/1‑124 (MQ=255) gcgcCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTAGCCCACCAGGGCGGCACAGTCGGTCAGCACTTTTTTCGATTCTTCTATAAg > 4:5158/1‑136 (MQ=255) gcgcCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCGCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATTCTTCTATCa > 5:71608/1‑135 (MQ=255) tgcGGACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATTCTTCTATCAGCGATTGCa < 6:111345/135‑1 (MQ=255) tgcGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATTCTTCTATCAGCGATTGCa > 7:26561/1‑135 (MQ=255) gcgcACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCgg > 2:177108/1‑68 (MQ=255) gcgcACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCgg < 1:177108/68‑1 (MQ=255) | GGCGCAGGCCTTAACTGCGCCGGCCCAGTAGCAGGCCTACCGCCAGCCCGAGGCCGGCAGAAATAGCAACAGTCTGCCAGGGGTGGCCGCCGATGTAGTCCTGGGTGGCGTCCACCACCGGTTGCGCCTTGCTGCGCACGTTGCTGGCCGCCTGGCGAGCCTGACGAAGTTTCAGGCTTACCTGGGCGCGCAGGGTCTCGGCTTCTTCGCCCACCAGGGCGGCACTGTCGTTCAGCAGTTTTTCCGATTCTTCTATCAGCGATTGCA > KT2440/2488479‑2488745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |