| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 2,503,742 | T→G | 31.0% | Q349P (CAG→CCG) | copA_2 ← | Copper resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 2,503,742 | 0 | T | G | 31.0% | 83.3 / 10.1 | 70 | Q349P (CAG→CCG) | copA_2 | Copper resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base G (4/20); total (28/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCGTAGGTCTCTGCCACGGCA > KT2440/2503611‑2503867 | tACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCCCCGGCGCCTGcc > 6:366776/1‑134 (MQ=255) ggCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCCCCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGcccccc > 7:137954/1‑130 (MQ=255) ggCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCCGccc > 2:326062/1‑135 (MQ=255) ggCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCCGccc > 5:145646/1‑135 (MQ=255) cATGCTGCGGTGGTTGATGCCCTGCGGTTTTCTGTGGTCCAGGCCCGCCCTGGCATCCATGCCGCCGGGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACGGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGcg < 3:275680/136‑2 (MQ=255) cATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGcc < 4:133338/136‑1 (MQ=255) ttgctgcCGGGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCCTGCCGCGGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 6:87764/134‑1 (MQ=255) ttgcggcCGTGGTGCATGCCTGGCGGATTTCTGGGGACCATCCCCGCCATGGCATCCATGCCGCGGGGGCCCATGTCTTCCATGCGCCGCCCGGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGcc < 2:167826/134‑1 (MQ=255) aTGCTGCGGGGGGTCCTGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGcc < 5:128839/135‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGTGGTTCTTGGCCTGGGGTTTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCGGCCGTTGCCCTTGTCTTCCATGCTCTGCACCGGGCGCGGGTGGGGGGCAGGAACCGGGGCGTGCAGCCGGGcg < 6:97360/135‑2 (MQ=255) 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ggCATCCATGCGGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCGCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCGGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 3:271703/135‑1 (MQ=255) ggCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 6:145646/135‑1 (MQ=255) ggCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGGCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGTGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 7:237424/135‑1 (MQ=255) gCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGGGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 3:261105/134‑1 (MQ=255) gCATCCATGCCGCCGGGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 7:23207/134‑1 (MQ=255) cttCCATGCGGCGGTGGCCCTTGGCTTCCAGGCTCAGCACGGGGCGCGGGTGGGGGGCAGCCACCGGCGCCTGCTGCCCGGGGGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 2:277902/133‑1 (MQ=255) cctCCATGCCGCCGGGGCCCAGGTCTGCCATGCGCCGCCCCGGGCGCGGGGGGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 2:359002/133‑1 (MQ=255) cagccATGCCGCCGGGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCTGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGa < 6:367393/132‑1 (MQ=255) cATCCCTGCCGCCGTGGCCAATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGc < 8:137954/133‑1 (MQ=255) cgcgggggCCCATGTCTTCCATGCTCCGCACCGGGCGCGGGGCGGGGGCCGGCAGCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGgtgt < 6:108920/129‑1 (MQ=255) cgTGGCCAATGTCTTCCATGCTCACCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCGGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAgg < 6:267363/135‑1 (MQ=255) gTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGc > 8:308744/1‑135 (MQ=255) 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aCCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCCCCCACGGTCACCAGc > 1:268046/1‑135 (MQ=255) aCCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGc > 1:211520/1‑135 (MQ=255) cGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcg > 3:94369/1‑136 (MQ=255) cGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAc > 7:52717/1‑135 (MQ=255) gcgcGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtcg < 4:309286/136‑1 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCCAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtc > 1:48560/1‑133 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGGACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCCCCCACGGTCCCCAGCAcgtcg > 4:246404/1‑134 (MQ=255) gcgGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCAAGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCAcgtc > 1:64605/1‑133 (MQ=255) tCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCCCGTCGTAGGtc > 7:217117/1‑135 (MQ=255) ccggcaCCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGGTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCGTAGGTCTCTGCCa < 6:62742/133‑1 (MQ=255) aggcaCCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCGTAGGTCTCTGCCACg < 4:94369/136‑1 (MQ=255) aCCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCGTAGGTCTCTGCCACGGCa > 5:153548/1‑135 (MQ=255) | TACCGGCCATGCTGCCGTGGTTCATGCCCTGCGGATTTCTGTGGTCCATGCCCGCCATGGCATCCATGCCGCCGTGGCCCATGTCTTCCATGCTCAGCACCGGGCGCGGGTCGGGGGCAGGCACCGGCGCCTGCAGCCCGGCCGCACGGGCCAGGGTACCGCGGGCAAAGCCGGTGCGGTCCATGCTCTGGGCGAACAGGGTGTAGGCGGGTTGGTCACCCACGGTCACCAGCACGTCGTAGGTCTCTGCCACGGCA > KT2440/2503611‑2503867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |