| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,029,445 | A→C | 17.9% | Q284P (CAG→CCG) | mcpU_3 → | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,029,445 | 0 | A | C | 17.9% | 176.7 / 5.2 | 101 | Q284P (CAG→CCG) | mcpU_3 | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/43); new base C (14/8); total (48/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGACGCCCAG > KT2440/4029311‑4029578 | cATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAg < 4:354324/136‑1 (MQ=255)cATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAg < 3:64101/136‑1 (MQ=255) cAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCCCGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCgcgc > 3:58163/1‑136 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCgcgcg > 7:179857/1‑134 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAgcgc > 5:85536/1‑134 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 4:24270/136‑1 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 4:266574/136‑1 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCAGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAgcgcg > 7:91343/1‑134 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGACATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCTGGCCCAgcgca > 5:182825/1‑134 (MQ=255) aCCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCGCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 3:31314/136‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 1:58596/135‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 8:110443/135‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 8:300325/135‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 1:3775/135‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 1:272831/135‑1 (MQ=255) ccTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGGCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 6:69457/135‑1 (MQ=255) tCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCCCCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCg < 5:1808/135‑1 (MQ=255) aTAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGAcc < 5:355200/135‑1 (MQ=255) aGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCATGCCCAGCGCGTCGCCCAg > 5:71917/1‑135 (MQ=255) aGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGGCCAgg > 3:221873/1‑136 (MQ=255) cTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTa < 6:154209/135‑1 (MQ=255) cTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGGCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTa < 2:56116/135‑1 (MQ=255) gCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCCAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAgc > 6:144747/1‑134 (MQ=255) gCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCTTCGGCCAGGTAGa > 8:360958/1‑135 (MQ=255) cAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGGCTGTGGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGAc < 7:111661/135‑1 (MQ=255) aGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGCTGCCAGCCAGCTGGCCCCGCGCGTCGCCCCGGTAGAcc > 1:108757/1‑135 (MQ=255) aGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCGTGGACCCGGTAGAcc > 1:253191/1‑135 (MQ=255) aGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGAcc > 7:289127/1‑135 (MQ=255) cACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGa > 5:75375/1‑135 (MQ=255) cACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGa > 8:187557/1‑135 (MQ=255) cACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCAATCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGAc > 4:65108/1‑136 (MQ=255) aCTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGAc < 5:85070/135‑1 (MQ=255) aCTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGGCTGTGGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGAc < 5:89463/135‑1 (MQ=255) aGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGACGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGGCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCaa < 3:76809/134‑1 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGCTGCCCGCCAGCTGGCCCCGCGCGTCGGCCAGGTAGGCCCGACCaaaa > 1:347248/1‑134 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCCACCGTGCCCCGCGCGTCGGCCCCGGAGGCCCGCCCCAAg > 1:351626/1‑135 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGCCCAAAg > 7:89973/1‑135 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCTGGCCCAGCGCGTCGGCCCGGTAGACCCGCCCAAAg > 1:211551/1‑135 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt > 4:222583/1‑112 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 3:222583/112‑1 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCaacg > 8:149773/1‑133 (MQ=255) gCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAg > 7:116070/1‑135 (MQ=255) ggaggCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGcc > 4:294750/1‑136 (MQ=255) gCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGCTGCCAGCCAGCTGGCCCCGCGCGTCGCCCAGGTAGACCCGCCCAAAGGCGCCgcgc > 4:265939/1‑136 (MQ=255) gCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCCAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCgcg > 1:4245/1‑133 (MQ=255) gCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGCCCAAAGGCGCCgcg > 6:354929/1‑133 (MQ=255) cAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAACCGGGCCCCGCGCTTCGCCCAGGTTTCCCCCCCCAAAcgcgccgcgcg > 8:285414/1‑134 (MQ=255) cGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTg > 7:26032/1‑135 (MQ=255) cGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTAGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCAGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCCAGCAGGTg > 6:253279/1‑135 (MQ=255) gCCTCTACGACGGCCGCACCAGGGGCGGCATTCTCCCCCCGGTCGGGCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGAAGCCCCGCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCa < 6:118752/135‑1 (MQ=255) gAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCCCCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTTGCCCAGCGCTTCGCCCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCAAGCTgggc > 7:215926/1‑133 (MQ=255) aGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGAt < 3:222310/136‑1 (MQ=255) ggCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGAt < 6:75375/135‑1 (MQ=255) cGCACCACGGTCGGCATTCTCCCCCCGGTCGGTATGTTGGCTGGCTACAGCGCCGCTTCCAGCAAGCTGGCCCACCGCGTCGCCCAGGTAGGCCCGCCCAAAGGCGCCGCCCGGGTGCGCCAGCTGGCCGCAGGCa > 3:126586/1‑136 (MQ=255) gCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt > 7:271619/1‑79 (MQ=255) gCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCtt < 8:271619/79‑1 (MQ=255) gCACCACGGGCGGCAGTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGGTTCGACCAGGTAGACCCGACCAACGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCa < 7:180181/135‑1 (MQ=255) caccacGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCCAGCTGGGCCCGCGCCTCGCCCCGGTAGACCCCCCCCAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCCAGCTGGCCGATGGCaa > 6:307775/1‑135 (MQ=255) ccacGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCTTCGCCCAGGTAGCCCCGCCCCAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCCAGCt > 3:293620/1‑136 (MQ=255) ccacGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGc > 7:37051/1‑135 (MQ=255) cGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGAAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGa < 7:245352/135‑1 (MQ=255) ggcGGCTTTCTCACCCCGGTCGGTGTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGAGGCCAGCAAGCTGGCCCTGCGCTTGGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGacc < 7:108992/133‑1 (MQ=255) gCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCCGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCCACCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAACCGGACCCCCCt > 4:146486/1‑136 (MQ=255) cggtcggtGGGCTGGCTACAGCGCCTATGCCAGCAAGCGGGCCCCGCGCTGCGCCCCGGAAGCCCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAgcgc < 3:139024/136‑1 (MQ=255) ggtcTGTTGGCTGGCTACCGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAgcgc > 8:91117/1‑135 (MQ=255) ggtcTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGCCCAGGGAGCACCGCCCAAAGGCCCCCCGCTGGTGCCCACGCTGGCCGCTGGCCAGCGGCCCACCCGCCACGACCGGCAgcgg > 1:279504/1‑134 (MQ=255) ggtcTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAgcgc > 7:152084/1‑135 (MQ=255) tACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCCGCGCGTCGCCCAGGTAGACCCGCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCGCCACGCCCGGCCGCGCGTGAAGGTGCGggcg > 7:221473/1‑135 (MQ=255) tACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCCGGTAGCCCCGCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGCCCACCCTCCCCGCCCGGCAGCGCGTGAAGGTGCTggcg > 7:279140/1‑135 (MQ=255) cAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGCCCACCCGCCACGCCCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTggcggc > 6:110516/1‑135 (MQ=255) gcgcCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGCCCCCCCTCCCCGACCGGCCGCGCGTGAAGGTGCTGGCGGCAt > 1:98101/1‑135 (MQ=255) ccGATGCCAGAAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAACGGCGCCGAGCGGGTGCGCAAGGTGGCCGATGGCAAGCTGACAACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTcc < 8:301608/135‑1 (MQ=255) cGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGCCCAGGTAGCCCCGTCCAAAGGCGCCGCGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGCCCCCCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCg > 2:241948/1‑135 (MQ=255) tgcccccAAGCGGGCCCCGCGCTGCGACCCGGTCCCCCCCCCCAACGGCGCCGAGCTGGGGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGcc < 6:268710/129‑1 (MQ=255) tGCCAGCACGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGcc < 8:289127/135‑1 (MQ=255) ccAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGCCCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCGGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCGCCACGCCCGGCCGCGCTTGCAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCaa > 6:294484/1‑135 (MQ=255) ccAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCaa > 2:276373/1‑135 (MQ=255) gaaaGCGGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGCCCCGACAAAAGGCGCCGAGCGGGTGCGCATGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATcc < 2:56322/133‑1 (MQ=255) gcgggCCCCGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACAAAAGCCGCGGAGCTGGTGCGAAAGCTGGCCTAGGGCAAGCTCACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 3:294750/133‑1 (MQ=255) gCTGGCCCAGCTGTTCGACCAGGTACACCCTACAAATGGCTCCGAGATGGTGGGCAAGCTGTCCGTTGGCAAGCTGACAACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCACTCCAGGAc < 4:114634/136‑1 (MQ=255) gCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTCGACCCGACAAACGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 4:326246/136‑1 (MQ=255) gCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCt < 3:335424/75‑1 (MQ=255) gCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCt > 4:335424/1‑75 (MQ=255) gCTGCCCCCGCGCTTCGACCAGGTCGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 4:217550/136‑1 (MQ=255) gCTGCCCCCGCGCTGCGACCTGTTCGACCCGACCATCGGCGCCGTGGTGGTGGGCACGCTGGCCGATGCCAAGCTGACCCCCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 4:286294/136‑1 (MQ=255) gggcccccGCGCTGCCACCAGGACCACCCCACCAACGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCGGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 7:285414/131‑1 (MQ=255) cgggCCCTGCGCTTCGACGCGGTCGACCCCCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCGGGCCGATGGCATGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 1:49486/133‑1 (MQ=255) cgggCCCCGCGCTTCGCCCCGGTCCACCCGACCAAGGGCGCCGAGCGGGGGCGCAAGCTGGCCGAGGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 5:110516/133‑1 (MQ=255) cgggCCCAGCGCTTCGACCAGTTAGACCCGACCAACGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 2:2619/133‑1 (MQ=255) cgggCCCAGCGCTTCGACCAGGTCGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 8:61969/133‑1 (MQ=255) cgggCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 2:4245/133‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGGGCTTCGACCCGGTAGACCGGACCAACGGCGCCGAGCTTGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCCCCCTCAACGACCGGCAGCGCTTGGAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 7:279062/135‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCTTCGCCCCGGAACCCCCGACCAACGGCGCCGAGCTGGTGCGCACGCGGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCGCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 5:144747/135‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAACGGCGCCGAGCGGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 2:38850/135‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 8:152084/135‑1 (MQ=255) cTGGCCCAGCGCTGCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCAGAGCTGGTGGGCAAGCTGGCGTAGGGAAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGACGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 6:150411/135‑1 (MQ=255) atGGCCCAGCGCTTCGACCTGGTAGACCCGAAAAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGAc < 7:47630/134‑1 (MQ=255) ggCCCCGCGGTTCGACCAGGTAGACCCGCCCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGACGc < 2:211551/135‑1 (MQ=255) gCCCCGCGCTTCGACCAGGTAGCCCCGACCAAAGGCGCCGAGCGGGTGCGCAAGCGGGCCGATGGCAAGCTGACCCCCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGACGc < 3:298442/134‑1 (MQ=255) cAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGACGCCCAg > 5:357445/1‑135 (MQ=255) | CATCAACCTCAATAGCCTGCAGGCACTGAGCCAGGAGGCCAGCCGCAGCCTCTACGAAGGCCGCACCACGGTCGGCATTCTCACCCCGGTCGGTCTGTTGGCTGGCTACAGCGCCGATGCCAGCAAGCTGGCCCAGCGCTTCGACCAGGTAGACCCGACCAAAGGCGCCGAGCTGGTGCGCAAGCTGGCCGATGGCAAGCTGACCACCCTCCACGACCGGCAGCGCTTGAAGGTGCTGGCGGCATTCCGGCCAATCCCGGACGCCCAG > KT2440/4029311‑4029578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |