| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,151,360 | A→C | 15.2% | V55G (GTG→GGG) | cmpR_5 ← | HTH‑type transcriptional activator CmpR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,151,360 | 0 | A | C | 15.2% | 192.3 / 3.6 | 96 | V55G (GTG→GGG) | cmpR_5 | HTH‑type transcriptional activator CmpR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/45); new base C (13/5); total (46/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGG > KT2440/4151225‑4151495 | gTGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCa > 4:244624/1‑136 (MQ=255) ggTACTGGCGACGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCAcg < 3:125345/136‑1 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCACGCCGcgg‑ccg > 2:269131/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGcgg‑ccg > 6:237734/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccgg < 3:63530/136‑1 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccg > 8:270983/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccg < 8:200149/135‑1 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccg > 1:238943/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccg > 1:59850/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccg > 6:158522/1‑135 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCCCCCAGCGCGTGCGCCGGCCGGAAGGTTTCGCGCCGGCGCGCGGCAGGCGCCAGCAACTGCTCCCCGGCCGCTCTCAGCCCCCCCCCGcgg‑ccc > 5:255937/1‑134 (MQ=255) gATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccggc < 2:353592/135‑1 (MQ=255) gATGCGCACGGGGCCGCGCGCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCa < 4:237963/136‑1 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCATCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGACAGCAACTGCTACCCGGCCGCTGTAAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCCCgg > 3:221075/1‑135 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGCCGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCCCg > 7:215102/1‑135 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCCCCGGCCGCGGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCCCGt > 4:136845/1‑136 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACg > 8:75847/1‑135 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccggc < 4:21114/132‑1 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGcgg‑ccggc > 3:21114/1‑132 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACg > 5:127077/1‑135 (MQ=255) cACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTg < 2:278841/135‑1 (MQ=255) cGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGAGCAGCGCGTGCGCCTGACGGACGCTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGt < 2:130468/135‑1 (MQ=255) gCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAgg < 3:39667/136‑1 (MQ=255) gCCGCGCTCCAGCCAGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTTCGCCTGACGGAAGGTGTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGAGAGCAACTGCGCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAg < 6:211807/135‑1 (MQ=255) cgcgCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCCGCGCTTGCGCCGGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCAAGCGCCCGCAACTGCTCACCGGCCGCGGTCCGCCGCCCGCCGCGG‑CCCGCCCGGTGGGAAAggg > 2:137983/1‑135 (MQ=255) cgcgCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCCGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCGGTCACGCGCACCCCGCGGCCCGCCACG‑TGGGAAAggg > 1:153703/1‑135 (MQ=255) cgcgCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCCCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAgggg > 4:271536/1‑136 (MQ=255) tCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCCGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCg > 8:132710/1‑135 (MQ=255) ccgCCCGCGCTTGGCCGCGCGCTGGGCTTGCGCGTGAGGTTTGGTTGCGCGGTGGCGCTCGGCTTGCGCACTAAACTGCTCACGGGCCGCTGTCAGCCGCCGGCCGCGG‑CGGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGcc < 2:352159/133‑1 (MQ=255) aGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGc < 1:16165/133‑1 (MQ=255) cccGCTCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCCGGCGCTAGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCCCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCGCGCCaaa > 8:22327/1‑135 (MQ=255) cccGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTGGGTAAAGGGGCGCGcccca > 5:27132/1‑132 (MQ=255) cccGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGGAAAGGGGCTCGCCAAAc > 4:184923/1‑136 (MQ=255) cccGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCGCGCCacac > 4:227099/1‑136 (MQ=255) cccGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCGGCCGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCACCTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCcaa > 1:9745/1‑135 (MQ=255) aTGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCctct > 7:242139/1‑135 (MQ=255) aTGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAggg > 8:344984/1‑118 (MQ=255) aTGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAggg < 7:344984/118‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCtt < 2:63093/135‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCtt < 2:320762/135‑1 (MQ=255) tGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCtt < 8:292814/135‑1 (MQ=255) cAGCTCTTGCGCCTGACGGACGGTTGCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTAACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTg < 3:361323/136‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGGTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTg < 4:78862/136‑1 (MQ=255) aGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTg < 8:202718/135‑1 (MQ=255) ttGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCCCGTTGGGAAAGGGGCTCGCCACACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTgg > 3:272972/1‑136 (MQ=255) ttGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTgg > 4:358553/1‑136 (MQ=255) ttGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTgg > 3:256279/1‑136 (MQ=255) ttGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCGGTCCGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCGCTTGCAAGAGCTTGAGCTg > 1:209696/1‑135 (MQ=255) acggacggTTTCGCGCCGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAACGGGCCGCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGaca < 4:48819/134‑1 (MQ=255) cGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccg > 4:20740/1‑136 (MQ=255) cGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAcc > 2:301682/1‑135 (MQ=255) cGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAcc > 6:110636/1‑135 (MQ=255) cGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCCG‑CCGGCACGTTGGGAAATGGGCTCGCCCAACGCCTCTTTCAAGAGCTTGAGCTGGCCggtcccc > 5:263464/1‑130 (MQ=255) ggAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCACACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgc > 3:278643/1‑136 (MQ=255) gAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgcc > 3:133249/1‑136 (MQ=255) aaGGTCTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAACGGGGCGCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgccg < 3:302730/136‑1 (MQ=255) cggTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CGGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgccg < 7:346034/134‑1 (MQ=255) aGGTTTCGCGCAGGCGCGCGGCATCCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAACGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgccg < 7:312542/135‑1 (MQ=255) ggTTGCGCGCAGGCGAGCGGCCTGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCCCGTTGGGAAAGGGGCTCGCCAACCGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgccg < 8:174244/134‑1 (MQ=255) gTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGc < 8:271458/135‑1 (MQ=255) ttCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACCCCGCCGGc > 8:295808/1‑133 (MQ=255) cgcgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCGCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTg < 1:254323/133‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 3:20740/135‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGCGCTCGGCAGGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCGGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 5:237734/135‑1 (MQ=255) cgcgCCGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCGCACCGGCCGCTGGCCGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 2:313992/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 2:238943/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 5:110636/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 8:242139/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 7:244767/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCGGGCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAACGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 2:255485/134‑1 (MQ=255) cgcgCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGATGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CGGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 5:349017/134‑1 (MQ=255) cccgcCGGCGCTCGCCTGGCGCCAGCACCGGCGCCCCGGCCGCGGACCGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAACGGGGCGCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTga < 5:9323/132‑1 (MQ=255) gcAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACa > 2:106603/1‑135 (MQ=255) gcAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGaca > 3:260125/1‑120 (MQ=255) gcAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGaca < 4:260125/120‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAgg < 6:128374/135‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAgg < 2:211729/135‑1 (MQ=255) aGGCGCGCGGCATGCGCAAGCAACTGCTCACCGGCCCCTGCCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCGCCCCAAACCCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGt < 4:289720/136‑1 (MQ=255) cTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACCCCGCCGGCTGAGACAGGTGCAg > 7:140391/1‑135 (MQ=255) gggCTTGCGCCAGCAACGGCGCCCCGGCCGCGGTCCGCCGCACGCGGCGG‑CCGGCACGTGGGTAAAGGGGCTCGCAAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGc < 3:271536/135‑1 (MQ=255) ggCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCCCGTTGGGTAAGGGGCTCGCCCAACGCCGCTTGCCAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCGGAGCCAGGTGCAGGGCt > 3:47691/1‑136 (MQ=255) gcgcCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCTGCCGCCGGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCAAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGc < 3:124360/136‑1 (MQ=255) gcCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGACTATTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGc < 8:227236/134‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCCGCCGCCCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCGTGAGCTGGCCGGCCACCGCCGGCTGAGCCAGGTGCAGGGCTTGGGcc > 1:105173/1‑133 (MQ=255) cAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACCCCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGc > 8:188275/1‑135 (MQ=255) gCAACTGCTCACGGGCCGCTGTGAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCAt < 8:62556/135‑1 (MQ=255) gCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCAt < 8:149644/135‑1 (MQ=255) aaCTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATgg > 8:273178/1‑135 (MQ=255) cTCCCCGGCCGCGGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGGTGGGAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATg < 3:227099/136‑1 (MQ=255) aCCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACCCCGCCGGCTGAGCCAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGtt > 8:178308/1‑135 (MQ=255) aCCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGtt < 6:124948/135‑1 (MQ=255) aCCGGACGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGATGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCAGAGACAGGTCCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTgttgtt > 6:44165/1‑135 (MQ=255) ccGGCCGCGGGCAGCCGCCCGCCGCGG‑CCGTCACGGTGGTAACGGGGATCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTg < 6:255937/135‑1 (MQ=255) ccGGCCGCGGGCAGCCGCACGCCGGGG‑CCGGCCGGGTGGTAAAGGGGCGCGCCAAACGCCTCTTGCACGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTg < 8:319785/135‑1 (MQ=255) ccGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCgt > 2:83550/1‑135 (MQ=255) gTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCg > 8:119875/1‑135 (MQ=255) tCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCgg < 2:198323/135‑1 (MQ=255) aCGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTgg < 3:81192/136‑1 (MQ=255) | GTGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGCGCAGGCGCTCGGCATGCGCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGG‑CCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGG > KT2440/4151225‑4151495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |