| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 1,118,296 | T→G | 10.7% | T435P (ACC→CCC) | tdcG_2 ← | L‑serine dehydratase TdcG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 1,118,296 | 0 | T | G | 10.7% | 149.6 / 3.4 | 74 | T435P (ACC→CCC) | tdcG_2 | L‑serine dehydratase TdcG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/47); new base G (7/2); total (25/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
AGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACAGGGCACCTGTACGA > KT2440/1118166‑1118427 | aGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTgg > 6:141677/1‑135 (MQ=255)aGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTgg > 3:298865/1‑135 (MQ=255) gtagggTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgc < 7:136325/132‑1 (MQ=255) gTGGGGTGTTTAGCAGTGTTGCGGAATTCGATGAGTCCTTGCTGTTATTGGCGGGTCAACATTGGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgc < 6:208562/135‑1 (MQ=255) gTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGTGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgc < 1:187767/135‑1 (MQ=255) gTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgc < 2:243270/135‑1 (MQ=255) gTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgc < 4:55189/135‑1 (MQ=255) ggggTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgcgc < 7:137042/135‑1 (MQ=255) ggggTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGgcgc < 7:133130/135‑1 (MQ=255) tCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAAAATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTGTTTGTATTTGGTTTTCATGTCCGCCCCCGGCTGGCGCATgg > 2:304876/1‑135 (MQ=255) 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cTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTa > 3:222420/1‑135 (MQ=255) cTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTa < 8:246253/135‑1 (MQ=255) cTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGtgct < 3:311105/133‑1 (MQ=255) tGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGc < 8:118916/102‑1 (MQ=255) tGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGc > 7:118916/1‑102 (MQ=255) tctttGTCGGGTCAACATTCGAGGAGGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGGCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 5:205833/132‑1 (MQ=255) tCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 5:298462/135‑1 (MQ=255) tCATTGTCGGGTAAACATGCGAGGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGGCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 2:192222/135‑1 (MQ=255) cATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 8:292561/134‑1 (MQ=255) cATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 4:284533/134‑1 (MQ=255) cATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 7:127142/134‑1 (MQ=255) cATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 4:222420/134‑1 (MQ=255) tCGTGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTcgcc < 7:52514/134‑1 (MQ=255) tCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTcgcc < 8:228201/134‑1 (MQ=255) tCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTcgcc < 5:141008/134‑1 (MQ=255) tCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTcgcc < 2:73764/134‑1 (MQ=255) cGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTcgccgc < 4:168774/135‑1 (MQ=255) ggTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCgcgc < 8:125466/135‑1 (MQ=255) ggTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCgcgc < 7:52936/135‑1 (MQ=255) cAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAgg < 7:247694/135‑1 (MQ=255) aaCATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTGTCGTTTTTTTTTGTTTTAATGTCGGCGCCGGGGGGGCGCATTGTGCGGATGACCATTGCCAGCGCCACCTAGTTCTGGCCCTCGCCCCGCCggg > 6:193577/1‑135 (MQ=255) atgatgTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCg < 3:250100/134‑1 (MQ=255) gatgTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTGCAGCGACACGTACTTCTGCCCGTCGCCGCGCCGGGCCATGCGTAc > 6:25717/1‑135 (MQ=255) tGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGt > 8:260914/1‑135 (MQ=255) gACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGt > 5:157829/1‑134 (MQ=255) aCGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCCTGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGtt < 3:260198/134‑1 (MQ=255) gCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATg > 2:283009/1‑135 (MQ=255) gccgccACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCt > 5:309402/1‑134 (MQ=255) gccACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCAc < 5:202787/135‑1 (MQ=255) gggCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGc < 4:153684/135‑1 (MQ=255) gggCGGTCGCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGc < 3:205002/135‑1 (MQ=255) gTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATc > 7:218969/1‑135 (MQ=255) gTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTgc < 8:33557/134‑1 (MQ=255) gTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTgc < 8:263616/134‑1 (MQ=255) gTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTgc < 4:298865/134‑1 (MQ=255) aTTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCt < 6:157829/135‑1 (MQ=255) ttttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg < 6:139216/68‑1 (MQ=255) ttttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCg > 5:139216/1‑68 (MQ=255) ttttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGAt > 8:284728/1‑133 (MQ=255) ttttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATa < 6:309402/134‑1 (MQ=255) ttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACAg > 7:14542/1‑135 (MQ=255) ttCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCGTCACCGAGCCCCTCGCATTGCGCTCGCTACAg > 8:126438/1‑135 (MQ=255) tCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACa < 4:177608/133‑1 (MQ=255) tCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACa < 4:211665/133‑1 (MQ=255) tCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACa < 2:105940/133‑1 (MQ=255) cGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACAGGGCACCTGTACGa > 5:197892/1‑135 (MQ=255) | AGTGGGGTCTTGAGCAGTGTTTCGGACATCGATGACTCCTTGCTGTCATTGTCGGGTCAACATTCGATGATGTTGACGGCCAGGCCGCCACGGGCGGTCTCTTTGTATTTGCTTTTCATGTCGGCGCCGGTCTGGCGCATGGTGCGGATGACCTTGTCCAGCGACACGTAGTGCTGCCCGTCGCCGCGCAGGGCCATGCGTACCGCGTTGATGGCCTTCACCGAGCCCATCGCATTGCGCTCGATACAGGGCACCTGTACGA > KT2440/1118166‑1118427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |