Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | KT2440 | 2,508,222 | G→A | 5.9% | R74R (CGC→CGT) | phnX_2 ← | Phosphonoacetaldehyde hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | KT2440 | 2,508,222 | 0 | G | A | 5.9% | 221.3 / 3.4 | 68 | R74R (CGC→CGT) | phnX_2 | Phosphonoacetaldehyde hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/33); new base A (2/2); total (33/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 |
CGGTGAGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCGAC > KT2440/2508095‑2508347 | cGGTGAGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAgc > 2:121361/1‑135 (MQ=255) ggTGAGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAgcg > 7:222844/1‑135 (MQ=255) gTGAGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTACGGTAgcgc > 5:258605/1‑135 (MQ=255) aGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCg > 8:306862/1‑135 (MQ=255) aGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTcc > 6:31556/1‑135 (MQ=255) aGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTcc < 8:228789/135‑1 (MQ=255) ccGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACg > 4:140895/1‑135 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc < 4:68099/135‑1 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc < 4:118899/135‑1 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc < 4:108313/135‑1 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc < 5:228377/135‑1 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTACGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc > 5:333595/1‑135 (MQ=255) ggggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGGCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTc < 4:50672/135‑1 (MQ=255) gggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCg < 7:207900/135‑1 (MQ=255) gggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCg < 6:156070/135‑1 (MQ=255) gggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCg < 1:137937/135‑1 (MQ=255) ggATCAGTGCCGAGTGCTCGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGGTGTAGAGGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGc < 2:177183/135‑1 (MQ=255) ggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGc < 4:327806/135‑1 (MQ=255) ggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGc < 2:205794/135‑1 (MQ=255) ggATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTACGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGc < 6:333595/135‑1 (MQ=255) cAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGcaca < 8:153706/134‑1 (MQ=255) gTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAgg < 6:199364/134‑1 (MQ=255) gTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAgg < 4:176569/134‑1 (MQ=255) gCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTg > 5:309725/1‑135 (MQ=255) cGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGTGTGCg < 1:74980/135‑1 (MQ=255) cGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGc > 7:217439/1‑134 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTcc < 4:150098/110‑1 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTcc > 3:150098/1‑110 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGatat > 3:107629/1‑135 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGatat > 6:153391/1‑135 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCAGGTACGTCGCACAGGGTGCGGatat > 4:23339/1‑135 (MQ=255) gCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGGTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGata < 3:67714/134‑1 (MQ=255) gCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTcc > 2:141226/1‑135 (MQ=255) cGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTccc < 1:16684/135‑1 (MQ=255) tctcGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtgc > 5:235801/1‑135 (MQ=255) tctcCATCTGAAGCGGCATGAAGCGTTTGTAGATGGAGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGCCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCAGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtgc > 1:44767/1‑135 (MQ=255) cTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtgcccatgcc < 8:318610/135‑1 (MQ=255) aGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATAAGGTCCCATTtgcccatgccca < 1:121361/133‑1 (MQ=255) aGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCAGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtgcccatgcc < 3:23339/131‑1 (MQ=255) gCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCg > 5:194992/1‑135 (MQ=255) gAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCg > 3:332679/1‑135 (MQ=255) gTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCt > 7:10717/1‑134 (MQ=255) gTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCt > 1:116149/1‑134 (MQ=255) gTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAAGTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCAGTTGCCCCTGCCCGTCGGGCCTCGGGCTTCCtc > 5:14791/1‑135 (MQ=255) gATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCAttt < 3:11998/102‑1 (MQ=255) gATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCAttt > 4:11998/1‑102 (MQ=255) aTGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCtcgat < 6:194992/134‑1 (MQ=255) tGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCtcgatcg < 7:306862/135‑1 (MQ=255) ggTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCtcg > 4:295906/1‑127 (MQ=255) ggTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCtcg < 3:295906/127‑1 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCg < 8:258060/79‑1 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCg > 7:258060/1‑79 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtg > 1:40540/1‑95 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTtg < 2:40540/95‑1 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCt > 3:108684/1‑135 (MQ=255) tGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCGCGATCGCCACCt > 8:142902/1‑135 (MQ=255) cGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGCTCGACACCTGc > 3:232563/1‑134 (MQ=255) gTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGcac < 5:153391/135‑1 (MQ=255) atcGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGt < 6:173251/66‑1 (MQ=255) atcGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGt > 5:173251/1‑66 (MQ=255) tACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGTTATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAgg < 5:31556/135‑1 (MQ=255) ccGAACACCTTGCGGGAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGGCGCACAGGGGGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCg < 8:225209/135‑1 (MQ=255) ccGAACACCTTACGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCg < 6:258605/135‑1 (MQ=255) acCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAggg < 1:103183/43‑1 (MQ=255) acCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAggg > 2:103183/1‑43 (MQ=255) acCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCGAc > 7:249289/1‑131 (MQ=255) acCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCGAc > 7:115201/1‑131 (MQ=255) acCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCGAc > 6:119339/1‑131 (MQ=255) | CGGTGAGGGTGTCGAGCGCACCGGGGATCAGTGCCGAGTGCACGGCGATCTTCTCGATCTGCAGCGGCATGAAGCGGTTGTAGATGGCGGTGACGTCATCATCGGTCGGGGTACGGCCGAACACCTTGCGGTAGCGCTCGGCAATTTCCGGTACGTCGCACAGGGTGCGGATATGGTCCCATTTGCCCATGCCCATCGGGCCTCGGGCTTCCTCGATCGACACCTGCACATCGAACTCGGCAAAGGCCTCGAC > KT2440/2508095‑2508347 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |