| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,491,319 | A→C | 43.8% | intergenic (‑681/+40) | CJ019_03306 ← / ← CJ019_03307 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,491,319 | 0 | A | C | 43.8% | 4.4 / 4.0 | 33 | intergenic (‑681/+40) | CJ019_03306/CJ019_03307 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/9); new base C (12/3); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTG > KT2440/3491202‑3491443 | cTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCCGGCCGCCGGCCCGCG‑AACAcc > 7:42080/1‑135 (MQ=255) tACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCCGGGCGCCGCCCCGCC‑AACAccc > 3:10378/1‑134 (MQ=21) cGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCTGCCCGCG‑CACACCCGCGCa > 7:55332/1‑135 (MQ=255) cGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCGCG‑GACCCCCgcgcc > 3:110621/1‑134 (MQ=21) ccGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCGGCCCGCG‑AACACCCGCgccgcc > 2:80330/1‑135 (MQ=255) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGGCGCCGGCCCGCG‑CACCCCCGCgccgcccg > 7:96975/1‑133 (MQ=18) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCGCG‑CACCCCCGCGCCGCCgg > 7:251506/1‑135 (MQ=21) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCGCG‑CACCCCCGCGCAGCCgg > 8:198288/1‑135 (MQ=21) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑CACACCGGCGCCCCCgg > 2:18331/1‑135 (MQ=255) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCGGCCCGCG‑CACACCCGCgccgcccg > 4:111753/1‑133 (MQ=21) ggtggtGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCGGCCCGCG‑CACACCCGCGCAGcccg > 6:111557/1‑133 (MQ=255) ggtggtGTCGCCACGATGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCCGGGCGCCGGGCCGCG‑CACCCCCGCgccgcccg > 7:141430/1‑133 (MQ=18) tgtCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCGCG‑AACACCCGCGCCGCCGGGTTCa > 8:32880/1‑135 (MQ=21) ccACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCGCG‑CACACCCGCGCACCCGGGTTCATGCa > 3:298096/1‑134 (MQ=18) ccACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTTCCCGCC‑GAAACCCGCCCACCCGCtttagaaca > 1:185165/1‑128 (MQ=17) ggTTGAAGGAGCTGTTTAACCCGCTATTTGGCGGGACCT‑GCGGGCA‑ATTAACCGGTGTCTTTCACCGCCACCGCCGCCAGCGCATT‑CGGGGGCTGCGTGCCCGCT‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTc < 6:109413/134‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCCCCGCTATTAGGCCGGACCT‑GCCGCCA‑ACTATCCCTGGTCATTCCCCGCCACCCCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATc < 7:32880/135‑1 (MQ=37) gCTGGTTTACCCGCCAATAGGCCGGACCG‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGACATTCACCGTCACCGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATc < 5:111557/135‑1 (MQ=255) tgtttgaCCCGCTAATTGG‑CGGCCCTGGCGGGCC‑AATCTCCGTGTTCATACCCGGCCCCCGCCCCCCCCGCTTT‑CGGGGGCAGCCGCCCCGGG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGa < 8:131359/129‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCCGCCGGCCCCCG‑CACACCCGCGCCCCCCCGGTCATCCAACTAAACCACCCTCGccc > 7:145319/1‑135 (MQ=17) tttATCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCGGCCCGCG‑AACACCGGCGCCGCCGCGTTCCTCCAACTCACCCCCCATCGAccg > 4:228622/1‑134 (MQ=21) gcgAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCATCCTGCCCGCG‑CACACCGGCGCAGCCGGTTTGCTACAACTAAAAGGCCAAAGACCTTTAccg > 8:321860/1‑132 (MQ=18) ccGGACCT‑GCCGGCC‑AATACCCCTGGTCATTCCCCGACACCGCCCCCCCCGCATG‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTctct < 8:96975/135‑1 (MQ=38) gggtccT‑GCCGGCCAAATAGCCGTGGTCTATCCCGGTCCCCGCC‑CCCCCCCATTGCGGGGGCCGCCGCCCCGCC‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTctct < 2:293653/131‑1 (MQ=255) atccaccgccaccgcCGCCTCCGCCTT‑GGCGGGCAGCCTG‑CCGCGTAACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTg < 2:71526/132‑1 (MQ=255) tCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGGCGCCGGCCCGCG‑CACACCGGCGCCGCCGGGTTGATCCAACTCCCCCACCCTCGCCCGGGACGCCAACCTCTCTGGCAACGATTGGCGTGGCTGGCCCATTGtg > 2:232076/1‑134 (MQ=255) aCCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑CACACCCGCGCAGCCGGTTTCATACAACTCAAACCCCAACGACCTGTTAGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTTTCGt > 8:179103/1‑135 (MQ=255) gcacaGCCGCCACCGCATG‑CGCGGGCAGCCGGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGAt < 4:110621/134‑1 (MQ=255) gccgccCCCGCATG‑CGGGGGCCGCCGCCCGGCT‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAAt < 6:284290/135‑1 (MQ=255) cccGCATT‑CGGGGGAAGCCGCCCCGCC‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCg < 8:55332/134‑1 (MQ=255) aCCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCg < 7:209449/135‑1 (MQ=255) aCCGCATT‑CGCGGGCAGCATGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCg < 4:298096/135‑1 (MQ=255) atgcgcgGGCCGCCTCCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTg < 8:216362/132‑1 (MQ=255) | CTACATCGACCGGTGGTGTCGCCACGTTGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAATAGGCCGGACCT‑GCCGGCC‑ACTATCCCTGGTCATTCACCGTCACAGCCGCCACCGCATT‑CGCGGGCAGCCTGCCCGCG‑AACACCGGCGCAGCCGGTTTCATCCAACTCAACGACCATCGACCTGTACGCAAACGTCTCTGCCATCGATTGCCTTGCATGGCCAATTGTCGTTGATGTAATGATCCGGCTTG > KT2440/3491202‑3491443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |