Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | KT2440 | 4,030,329 | T→G | 22.9% | F579V (TTT→GTT) | mcpU_3 → | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpU |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | KT2440 | 4,030,329 | 0 | T | G | 22.9% | 94.5 / 4.3 | 61 | F579V (TTT→GTT) | mcpU_3 | Methyl‑accepting chemotaxis protein McpU |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/33); new base G (13/3); total (25/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAAGGCCTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCACC > KT2440/4030197‑4030461 | gAAGGCCTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCttt > 1:9459/1‑135 (MQ=255) gAAGGCCTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGAGCCGTGCGGGCGCCCAACGGCCCACCATGATGCCGGGCACCGATGCCATCGACCCTCCCCGCGCCGGGCCGCCCGGCCGTGGCttt > 2:64238/1‑135 (MQ=255) aGGCCTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGc < 2:208198/135‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGATCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAAAGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGt < 7:339432/135‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGAACAGCGAGAACATCGGCGCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGt < 1:128768/135‑1 (MQ=255) tGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTgg < 2:320372/135‑1 (MQ=255) cgcAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCg < 1:18762/135‑1 (MQ=255) gcAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGc > 1:238460/1‑135 (MQ=255) aGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGGTTGGCGGGGGCGCCGATgcg > 3:32675/1‑133 (MQ=25) aGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGCTGAg > 4:285307/1‑135 (MQ=255) aGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAg < 5:204888/135‑1 (MQ=255) cGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGt < 2:238460/135‑1 (MQ=255) cGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGt < 3:221472/135‑1 (MQ=255) gaagaTCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATTGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGACGTGGTCGCCGATGAGGTtcg > 2:241600/1‑135 (MQ=255) gaagaTCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGGTTGGCCTGGTCGCCCATGACGTgcg > 2:240960/1‑135 (MQ=25) gaagaTCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTGGCGTGGTCGCCGATGAGGTggg > 5:133077/1‑133 (MQ=255) gaagaTCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTGGCCTGGTAGCCCAAGAGGTgcg > 5:118308/1‑135 (MQ=25) tCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGGTTGGCGTGGTAGCCGATGAGGTgcggca > 8:153500/1‑130 (MQ=25) tCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAAcc > 8:243888/1‑135 (MQ=255) ggCTCGGTACGGGAAGTGAGCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTg < 5:177756/135‑1 (MQ=255) cGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGccc < 8:96739/135‑1 (MQ=255) aCTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGCGGCCGGCCGTGGGTTTGCCGGGGGGGCCGCAGAGGTTGGCCACCCGGccccccg > 2:125389/1‑131 (MQ=21) cTGGAAGTGAGCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCGGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGGCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAgcgc < 5:31088/135‑1 (MQ=255) tGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTTGCGGGGGCGCCGATTAGGTGCGCAACCAGGCCCCgcgcc > 1:213265/1‑134 (MQ=21) tGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTGCCGTGGTCGCCGCTGAGGGGCGCCACCTGGCCCCgcgc > 2:210541/1‑134 (MQ=25) aGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGGCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCa < 2:9459/135‑1 (MQ=255) gccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACGTGCTGGCGCTCAACGCGGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGTAGAGGCAGGCCGTGGGTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGt < 8:187270/134‑1 (MQ=21) ccGCTCGATCGCCGAACAGCCCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGCGAGGCCGGCCGTGGGGTTGCCGTGGTGGCCCAGGCGGTGCGCACCCCGGCCCAGCGCCCGCCGGAGTc > 3:282604/1‑135 (MQ=18) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGTTTGCCGTGGGGGGCGCTGAGGTGCGCCACCAGGCCCCGCGCCCGCAGGGGtg > 1:92591/1‑134 (MQ=21) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGGTTGGCGTGGTGGCCGATGTGGTGGGCCACCGGGGCCAGCGCACTCAGGAGtg > 3:277793/1‑134 (MQ=25) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGGGTTGCCGGGGTCGCCGCTGAGGGGCGCCACCGGGCCCAGCGCCCGCACGAGTc > 5:149569/1‑135 (MQ=21) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTc > 5:120085/1‑135 (MQ=255) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGGCGCCGATGTGGTGCGCCACCTGGCCCCGCGCACTCAGGAGTc > 8:337521/1‑135 (MQ=255) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGGCCCCCATGAGTTGCTCACCCAGGGCCCCCGCCCCGAGGAGTc > 2:144192/1‑135 (MQ=18) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGGGGTCGCCGCTGAGGTGCGCCACCTGGCCCAGCGCCCTCAGGAGTc > 5:135552/1‑135 (MQ=255) ccGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCCACCTGGCCCCGCGCCCTCAGGAggc > 8:294983/1‑133 (MQ=21) cTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGt < 4:14206/135‑1 (MQ=255) cTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGt < 5:122147/135‑1 (MQ=255) aTCGCCGAACAGACCATCCTGCTGGCGCTCAACGCGGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCTATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCTCACGCAGGAGTCGGTGga < 2:179354/134‑1 (MQ=18) aaCAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTTGCGGGGTCGCCCCTGTGGTGCGCCACCTGGCCCACCGCCCACAGGCGTGGGGGGGAGAAAccc > 5:136396/1‑135 (MQ=21) cAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGt < 3:214705/135‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTTGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCa < 3:230045/135‑1 (MQ=255) tgctgGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCg < 5:314627/135‑1 (MQ=255) tgGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGaa < 7:243888/134‑1 (MQ=255) tgGCGCGCAACGCTGCCATCGATGCTGCCCGCGCCGGAGAGTCCGGCCGTGGCTTTGCGGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGaa < 5:338534/134‑1 (MQ=255) cGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGaa < 6:120085/135‑1 (MQ=255) cGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCGTTGGCGTGGTGGCGGATGAGGTGGGCCACCTGGGCCCGCGCACTCAGGGGTCGGTGGGAGCAACCCCGCACGTGAGCGAAGCCCGGccgca > 5:65475/1‑131 (MQ=255) tCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCCCCCTGGCCCCGCGCCCGCAGGAGTGGGTGGCAGAAACCCCACACGTCAACGAAGCCCGGCAGACCCGCAccc > 4:230815/1‑135 (MQ=18) ggCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGGGGCTTGGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGGCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCAGCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGt < 6:36257/134‑1 (MQ=255) cccGCGCCGGAGCGGCCGGCCGTGGCGTTGCCGTGGGCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTgg < 1:155693/135‑1 (MQ=255) cccGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTgg < 2:150214/135‑1 (MQ=255) cgcCGGAGCGGCCGGCCGTGGCGGTGCCGGGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCgg < 7:337521/135‑1 (MQ=255) gcCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGgc < 4:38356/135‑1 (MQ=255) ccGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGgcg < 6:118308/135‑1 (MQ=255) gagGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATg < 7:210541/135‑1 (MQ=255) ggccgTGGCGTTGCCGTGGTAGCCGATGAGGTGCGCAACCGGGCCCAGCGCCCGCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCCTGAGGTCATCGACGCCCTGCAGAACGGCCCCCGCGAAGTGGGCGGCGCCATGGACcac > 8:37946/1‑135 (MQ=37) ccgTGGCGTGGCCGTGGGCGCCGATGAGGGGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGACACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAg < 1:230974/135‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCAc < 1:105772/135‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGGGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATTGACCACAGCCAc < 3:104051/135‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCAcc < 1:64238/135‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCAcc < 1:103888/135‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCAcc < 1:125389/135‑1 (MQ=255) gCTTTGCCGGGGTAGCCGATGAGGTGCGCAACCTGTCCCAGCGCAATCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGGGAGGTCATCGACGCCCTGCAGAACGGCACCCGCTAAGTGGGCGGCGCCATGGACCACAGCCAcc < 8:144425/135‑1 (MQ=255) | GAAGGCCTGGCGCAGAACAGCGAGAAGATCGGCTCGGTACTGGAAGTGATCCGCTCGATCGCCGAACAGACCAACCTGCTGGCGCTCAACGCTGCCATCGAAGCTGCCCGCGCCGGAGAGGCCGGCCGTGGCTTTGCCGTGGTCGCCGATGAGGTGCGCAACCTGGCCCAGCGCACTCAGGAGTCGGTGGAAGAAACCCGTCAGGTCATCGAAGCCCTGCAGAACGGCACCCGCGAAGTGGTCGGCGCCATGGACCACAGCCACC > KT2440/4030197‑4030461 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |