| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,514,652 | Δ1 bp | 10.8% | coding (731/1257 nt) | icd_1 ← | Isocitrate dehydrogenase [NADP] |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,514,652 | 0 | T | . | 10.8% | 112.2 / 9.0 | 37 | coding (731/1257 nt) | icd_1 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/20); new base . (2/2); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
GCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGCACCAGGGTCAGTGATTCGCGGTCGTTATCCACCACGTATTGCAGGGCCTTGCGCACCAGACGCTTGGTACCCTCCTTCGACACCGGCTTGA > KT2440/4514518‑4514784 | gcagcaTGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCt > 6:124913/1‑135 (MQ=255)gcagcaTGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCt > 2:30743/1‑135 (MQ=255) cagcaTGGCGGCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGACATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCtt < 4:18840/135‑1 (MQ=255) gggcggcggcGATGGCGTCCTGGACGATGACCGCGCGACCGGTCTTGGGGGTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCTTGAAgg < 4:19746/134‑1 (MQ=255) 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cAGTCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGCACCAGGGTCAGTGATTCGCGGTCGTTATCCACCACGTATTGCAGGGCCTTGCGCACCAGACGCTTGGTCCCCTCCTTCGACACCGGc > 2:77841/1‑135 (MQ=255) gTCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGc > 2:241408/1‑46 (MQ=255) gTCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGc < 1:241408/46‑1 (MQ=255) tCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATCTTGCCCAAGTGCACAAGGCTCAGTGATTCGCGGTCGTTAAACACCACGTCTTGCAGGGCCATGCGCACCAGACGCTTCCTACCCTCCATCCACACCGGCTTg > 6:70219/1‑135 (MQ=255) ccTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGCACCAGGGTCAGTGATTCGCGGTCGTTATACACCACGTATTGCAGGGCCTTGCGCACCAGCCGCTTGGTACCCTCCTTCGACACCGGCTTGa > 6:107429/1‑135 (MQ=255) | GCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGTTCAGCGCCGAACTCGTCACGCGCCACCTCGTACCCCCAGTCCTTGAAGGCACCCTCGGTGAACTTCATGATGTTGCCCTTGTGCACCAGGGTCAGTGATTCGCGGTCGTTATCCACCACGTATTGCAGGGCCTTGCGCACCAGACGCTTGGTACCCTCCTTCGACACCGGCTTGA > KT2440/4514518‑4514784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |