| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 219,812 | C→T | 6.3% | L14L (CTG→TTG) | slyA_1 → | Transcriptional regulator SlyA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 219,812 | 0 | C | T | 6.3% | 198.8 / 2.4 | 63 | L14L (CTG→TTG) | slyA_1 | Transcriptional regulator SlyA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/20); new base T (2/2); total (41/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGC > KT2440/219689‑219945 | tATCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCt > 2:143095/1‑135 (MQ=255)tATCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTg > 7:141777/1‑136 (MQ=255)tATCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCGGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCt > 3:35693/1‑135 (MQ=255)tATCCGTCGCCCCCTGTAGACGACTGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGTATCTTAGGAAACTATGAATATACATGGTTAACTTAATGTCCCTTGAATTCCTCCGCCTCCAACTCACGAGAGGCCAGCTAGTCGCt > 4:64342/1‑135 (MQ=255) aTCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTg > 4:38500/1‑135 (MQ=255) cccTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTg > 6:126357/1‑135 (MQ=255) cccTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTg > 2:189112/1‑135 (MQ=255) cccTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGGATTTTGATATTGTGCAAACTATTAATATACTTGGGTTTCGTGCTGTGGCTTGATTTCCAGGGCCGGGCAGTCAGAAGTGGCCTGGTTGTCGCTGgccgccgagt > 2:243809/1‑131 (MQ=255) ttGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGgcggcg < 7:91625/136‑1 (MQ=255) tGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAACCTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGgcggcg < 1:50445/135‑1 (MQ=255) tGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGgcggcg < 2:16166/135‑1 (MQ=255) acgacAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCTTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCa > 3:192809/1‑135 (MQ=255) acgacAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTACTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCTTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCa > 3:189331/1‑135 (MQ=255) gggggATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTc < 5:256469/135‑1 (MQ=255) gggATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCAt > 6:74336/1‑135 (MQ=255) cGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCCCTGGCGGCGCCTCTGTCATACCGCCtt > 7:111655/1‑136 (MQ=255) cGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCt > 1:233503/1‑135 (MQ=255) cGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGccc > 4:41287/1‑135 (MQ=255) cGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGAcc > 2:98935/1‑135 (MQ=255) tGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACg < 5:94961/135‑1 (MQ=255) gTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAtt > 1:193815/1‑135 (MQ=255) gTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAtt > 6:136856/1‑135 (MQ=255) gTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAtt > 3:139806/1‑135 (MQ=255) ttAGCAAACTATGAATATACTTGGTGCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAtt < 6:207096/134‑1 (MQ=255) cAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGa < 5:244099/135‑1 (MQ=255) cAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGa < 3:79515/135‑1 (MQ=255) cAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGa < 2:233503/135‑1 (MQ=255) aaaCTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAg > 3:109861/1‑135 (MQ=255) aaaCTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAGTTCCGAgg > 7:267968/1‑136 (MQ=255) gAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCctgcg < 4:234487/135‑1 (MQ=255) aaTATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCctgcgc > 4:119715/1‑135 (MQ=255) aCTTGGTTCTCTTTATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCctgcgctgcg < 1:217483/134‑1 (MQ=255) aCTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCctgcgctgcg < 4:139806/134‑1 (MQ=255) aCTTGGTTCTCTTCATGACCCTTGATGTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCctgcgctgcg < 5:178904/134‑1 (MQ=255) tGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCCTACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCtt > 5:175090/1‑135 (MQ=255) ggTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCttt > 5:126413/1‑135 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTgg < 2:214146/71‑1 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTgg > 1:214146/1‑71 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGc > 1:213962/1‑135 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGc > 5:44627/1‑135 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCGTTGc > 5:253609/1‑135 (MQ=255) ttCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCGGCGCCTTTGCt < 7:143285/136‑1 (MQ=255) tCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCtgatga > 2:239545/1‑135 (MQ=255) tCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCtgatga > 3:30357/1‑135 (MQ=255) tCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCtgatg > 1:241132/1‑134 (MQ=255) aTGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATc > 1:209375/1‑135 (MQ=255) tCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTgc > 8:89218/1‑136 (MQ=255) cccTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTg < 4:262832/134‑1 (MQ=255) ccTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTgcgc > 8:188966/1‑136 (MQ=255) ccTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTgcg > 5:133460/1‑135 (MQ=255) tGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCt > 5:109850/1‑135 (MQ=255) gATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTgg > 7:122895/1‑136 (MQ=255) aTTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTg > 3:163581/1‑128 (MQ=255) aTTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTg < 4:163581/128‑1 (MQ=255) aTTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTgg > 5:107936/1‑135 (MQ=255) aTTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCAATTCCGAGGCCTTCGCAGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTgg > 2:107996/1‑135 (MQ=255) tGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGAGCCTTAGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGCCg > 3:170217/1‑135 (MQ=255) gcCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATGTGTCATACAGCCTTGACCGGCTTCGGCAGTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCGGATGATCGTGCGGCTGGTGGCCGGCg > 1:113830/1‑135 (MQ=255) aaGTCAGCAGTGGCTTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCAcc < 4:189331/135‑1 (MQ=255) aaGTCAGCAGTGGCTTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCAcc < 4:192809/135‑1 (MQ=255) aaGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCGACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCAcc < 6:126413/135‑1 (MQ=255) aGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCa < 5:136856/135‑1 (MQ=255) ggCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCtgtg < 6:113240/135‑1 (MQ=255) ccTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGc < 6:44627/135‑1 (MQ=255) ccTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGc > 2:176153/1‑135 (MQ=255) | TATCCGTCGCCCCCTGTTGACGACAGGGGGATGTCGGGGCGTATATTGATAGTTAGCAAACTATGAATATACTTGGTTCTCTTCATGTCCCTTGATTTCCTGCGCCTGCAAGTCAGCAGTGGCCTGGTAGTCGCTGCCCGCCACTGGCGGCGCATCTGTCATACCGCCTTGACCGGCTACGGCATTTCCGAGGCCTGCGCTGCGCCTTTGCTGATGATCGTGCGCCTGGGCGACGGCGTGCACCAGGTGGCTGTGGC > KT2440/219689‑219945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |