| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,749,286 | T→G | 32.7% | S294A (TCG→GCG) | macB → | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,749,286 | 0 | T | G | 32.7% | 30.1 / 6.8 | 40 | S294A (TCG→GCG) | macB | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/15); new base G (8/6); total (19/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCG > KT2440/4749155‑4749413 | aCCGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTc < 4:80659/133‑1 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCggtggtggg > 2:26540/1‑134 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGggggtggtg > 7:242100/1‑136 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGt > 4:71324/1‑133 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGGGGTGGTGATGTTGGGTGTGGGt > 1:91349/1‑133 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCCGTGGTGGTGATGTTTGCTGTGGGTGa > 3:49172/1‑135 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAATGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGGGGTGATGTTTGCGGGCGGt > 3:36702/1‑133 (MQ=255) gAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGGGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCaaa < 1:24004/135‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACg > 7:72289/1‑136 (MQ=255) tCGAATCGCGGCAGGCGGCTTGGCGAGTGATGTGGAGCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCa < 3:202786/133‑1 (MQ=255) gAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGGGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCCGCAAACGCCAGGTa > 5:97928/1‑135 (MQ=255) gCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCCCTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGGGGTGGGGGTGATGTTGTCTGTCGGTGTAGGCAGCCAACGCCAGGGAATGGc > 5:175847/1‑135 (MQ=255) gcttGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATGGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGAGGTGGGCTGTCGGGGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGgcc < 2:80039/132‑1 (MQ=255) ggCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGGGGGGGGGGTGTTGTTGGGGGGGGGTGGAGGCCGCACACGCCAAGTTATGGCACAGATGGCCGCCt > 4:143776/1‑135 (MQ=255) gCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGgccgccgt > 3:111527/1‑133 (MQ=255) gCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTc > 8:50647/1‑136 (MQ=255) gCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGGGGGGGGGGTGGTGTTGGCTGGGGGTGGAGGCCGGCGCCGCCCGGGAATGGCCCCGATGgccgccgg > 5:26295/1‑133 (MQ=255) agggaggtgGATCAACCGCTGCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCACCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCgg < 5:242296/129‑1 (MQ=255) gATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTc < 5:239837/135‑1 (MQ=255) gATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGCAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCt < 1:26540/134‑1 (MQ=255) gATGGGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGAAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTc < 3:71324/135‑1 (MQ=255) tgtgGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGAACCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCCGGGGTGGGTTTGTTGGGTGTGCGGGCAGGCCGCAAACCCCCCGGAAAGGCACCGAAGGCCGCCGGAGGCTccca > 8:209396/1‑134 (MQ=255) gtgGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGGGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCa < 1:150168/134‑1 (MQ=255) gATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATc < 8:198955/136‑1 (MQ=255) aTCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATcc < 8:72289/136‑1 (MQ=255) aTCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATc < 3:216342/135‑1 (MQ=255) aaCCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGTTGTTGGGTGTGGGTGTAGGCAGCAAACGCCAGGTAATTGCACAGATTGCCGCCTTCGGGGCCAACaaact > 4:216342/1‑130 (MQ=255) cGCCCGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGGCGCGTCGGGGGGGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAAt < 2:129112/135‑1 (MQ=255) gCACGCCACTGCCCCTGCGCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTTGGTATGTGGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATg < 6:175847/135‑1 (MQ=255) cACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGGCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGGGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATgg < 1:243106/135‑1 (MQ=255) tCGGAATCATCATCGGAGGCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGCCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCt < 2:91349/133‑1 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGAt > 2:205126/1‑36 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGAt < 1:205126/36‑1 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAAc > 7:182258/1‑100 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAAc < 8:182258/100‑1 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGCAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGGTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTgcgc > 7:222789/1‑136 (MQ=255) tcatcatcGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCt > 2:56968/1‑90 (MQ=255) tcatcatcGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCt < 1:56968/90‑1 (MQ=255) catcGGAGTCGCGGCGGGGGTGGGGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGAAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGc < 4:36702/135‑1 (MQ=255) gAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgcg < 7:50647/136‑1 (MQ=255) | ACCGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCG > KT2440/4749155‑4749413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |