| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 3,024,446 | C→T | 10.5% | Y216Y (TAC→TAT) | mgtB → | Magnesium‑transporting ATPase, P‑type 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 3,024,446 | 0 | C | T | 10.5% | 108.0 / 3.1 | 38 | Y216Y (TAC→TAT) | mgtB | Magnesium‑transporting ATPase, P‑type 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/17); new base T (2/2); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGTGGCCGGCGACATCGTGCAGCTTTCTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGCCGCGCCCGCGCCGTGGT > KT2440/3024314‑3024574 | aCTGGTGGCCGGCGACATCGTGCAGCTTACTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGCCCTGTATATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGa > 2:294118/1‑135 (MQ=255) aTCGTGCAGCTTTCTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTc < 7:48004/135‑1 (MQ=255) tttCTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGt < 4:187640/135‑1 (MQ=255) tCTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTcc > 2:269946/1‑135 (MQ=255) tGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTccgc > 4:72307/1‑135 (MQ=255) aGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGCAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTccgccgc > 3:46681/1‑135 (MQ=255) aGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTccgcc < 3:57987/133‑1 (MQ=255) ggACAGGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGa < 6:169397/134‑1 (MQ=255) aCATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGac < 1:55958/98‑1 (MQ=255) aCATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGac > 2:55958/1‑98 (MQ=255) aCATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCAGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGc > 2:262268/1‑135 (MQ=255) tGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCTCCGCCGAGCATg < 6:289870/135‑1 (MQ=255) tGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATg < 5:142559/135‑1 (MQ=255) cgccgATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGcaca > 5:74224/1‑135 (MQ=255) ccgATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATc > 1:110983/1‑135 (MQ=255) aCCTGTTAATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGCCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGACCGCCGCCGAGCAAGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTAGCCGAACa > 3:224780/1‑135 (MQ=255) cTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATc < 4:107458/135‑1 (MQ=255) tATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCt > 5:104275/1‑134 (MQ=255) aTCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCtt < 7:132403/134‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTc < 4:190349/134‑1 (MQ=255) gCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCTCAGAAGTCCGCCGCCGATCATGGCGCAGATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATgg < 1:262268/135‑1 (MQ=255) gCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATgg < 3:148592/135‑1 (MQ=255) cAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATgggg > 4:71012/1‑135 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTATGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAgg > 2:122695/1‑95 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTATGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAgg > 2:118954/1‑95 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTATGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAgg < 1:122695/95‑1 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTATGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAgg < 1:118954/95‑1 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCCTGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGa > 6:254478/1‑134 (MQ=255) ggCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGa > 7:28358/1‑134 (MQ=255) tCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTgg < 3:72307/135‑1 (MQ=255) cGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATg < 2:30325/68‑1 (MQ=255) cGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATg > 1:30325/1‑68 (MQ=255) aGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACAGCTTGGGTAATGTCGCGCAGCAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGCCACCCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGccg > 8:224199/1‑135 (MQ=255) aGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGccg > 4:213109/1‑135 (MQ=255) tGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGccgcgccc > 4:204245/1‑135 (MQ=255) cGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGTACCAATGGGGTCAGTGGccgcgcccgc < 6:229582/134‑1 (MQ=255) caaGCACGACCCCTTGGTTAATGTCGCGCTGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACAGCAGGTCAACCTGCTCGAGTTGCCGAACAGCTGCTGCATGGGGACCAAGGTGGTCAGTGGCCGCGCCCGCGCCgtggt < 1:294118/134‑1 (MQ=255) aaaGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGCCGCGCCCGCGCCgtggt < 1:158880/135‑1 (MQ=255) | ACTGGTGGCCGGCGACATCGTGCAGCTTTCTGCAGGTGACATGATTCCCGCCGATATCCGTCTGCTCGAAGCGCGCGACCTGTTTATCAGCCAGGCCGTGCTCACCGGCGAAGCGTTGCCGGTCGAAAAGTACGACACCTTGGGTAATGTCGCGCAGAAGTCCGCCGCCGAGCATGGCGCACATCAGGACAACCTGCTCGAGTTGCCGAACATCTGCTTCATGGGGACCAATGTGGTCAGTGGCCGCGCCCGCGCCGTGGT > KT2440/3024314‑3024574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |