| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | KT2440 | 4,749,286 | T→G | 26.8% | S294A (TCG→GCG) | macB → | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | KT2440 | 4,749,286 | 0 | T | G | 26.8% | 23.2 / 5.7 | 29 | S294A (TCG→GCG) | macB | Macrolide export ATP‑binding/permease proteinMacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/12); new base G (3/5); total (12/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
CGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCG > KT2440/4749157‑4749413 | cGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCggtg < 8:240377/135‑1 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCGTGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCgggggtgggggt > 1:294014/1‑135 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCggtggtggt > 2:227475/1‑135 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCggtggtgg > 2:50505/1‑134 (MQ=255) tgCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCgggggtggt > 3:123051/1‑135 (MQ=255) ccAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGtt < 1:146117/135‑1 (MQ=255) aCGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGGGGTGGGGATGTTGGGTg > 2:146117/1‑135 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGt > 8:3168/1‑133 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGt > 4:87078/1‑133 (MQ=255) cTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGGGGTGGGGGTGTTTGGTGTgggg > 7:137095/1‑132 (MQ=255) atggTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTTATGTTGGCTGTCGGTGAAGgca < 8:58998/133‑1 (MQ=255) ggTGAACTGCTCGAAGCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGgcagc < 8:163955/135‑1 (MQ=255) gAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCaaa < 7:184929/135‑1 (MQ=255) aCTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACg > 8:95651/1‑135 (MQ=255) aaTCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTaa < 3:290869/135‑1 (MQ=255) tGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGGCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGcac < 4:123051/135‑1 (MQ=255) ggCAGGGGGCTGGGCGAGTGAGGTGGATCAACCGCGCCCGCACGGCAGTGACCCGGCGGGGAAGCATCATGGGAGTGGCGGCGGGGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTCAAGCCAGCAAACGCCAGGTAATGGcac < 2:294014/134‑1 (MQ=255) aGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGa < 3:264222/135‑1 (MQ=255) gCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTGGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGCAGGCCGCCAACGCCAGGTAATGGCACAGAAGgccgccgt > 4:297864/1‑133 (MQ=255) gATGTTCATCACCCGCTTCCGCACGCAACTGACCCTGCTCGGAATCATAATCGGTGTCGCGGCGGTGGTGGTTATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGAAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCt < 5:95565/134‑1 (MQ=255) gCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAAt < 7:3168/134‑1 (MQ=255) cACGGCACTGCACATGCTCGTAATCATCATCTGAGTCGGGTGGGTGGTGGTGTTGTTGGCTGTGGTTGATGGCAGAAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATgg < 1:148430/135‑1 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGGTGTGGGTGAAGGGCGCAAACCCCCGGTTATGGGCCAGATGGCCCCCTTCGGCTCGAACCTCCGATAACGCAATGGCCGCCCCCCCACCCGgcg > 5:143716/1‑135 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAAAGGCACAGATGTCCGCCTTCGGCTCCAACATACTATACCTCCATTGCCCCCCCCCGAcccatcg > 7:180444/1‑131 (MQ=255) cGGAATCATCATCGGAGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGGTGTAGGGGTAGGCCGCCAACGCCCGGGTATGGCCCAGATGGCCCCCGTCGGCGGCAACAACCGATACCTCAATGGCCGCCCCCCGCCCCcgcg > 3:264195/1‑135 (MQ=255) tcatcGGAGTCGTGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCACGAACCg < 8:96054/134‑1 (MQ=255) gAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgc < 7:95651/135‑1 (MQ=255) gAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGGAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgc < 5:277693/135‑1 (MQ=255) gAGTCGCGGGGGGGGTGGTGAGGGTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgc < 8:129303/135‑1 (MQ=255) aGTCGCGGCGGTGGTGGTGATGTTGGCGGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGgcg < 4:264195/135‑1 (MQ=255) | CGTGGTGCAACCCAGCACGGTGCCTGGAAAGGTGAACTGCTCGAATCGCTGCAGGCGGCATGGCGAGTGATGTGGATCAACCGCTTCCGCACGGCACTGACCCTGCTCGGAATCATCATCGGAGTCGCGTCGGTGGTGGTGATGTTGGCTGTCGGTGAAGGCAGCAAACGCCAGGTAATGGCACAGATGGCCGCCTTCGGCTCCAACATCCTATACCTCAATGGCAGCCCCCCGACCCTGCGCGAACCGGCTGGGCG > KT2440/4749157‑4749413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |