| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009273 | 2991102 = | 72 (1.450) | 3 (0.060) | 3/262 | NT | 4.2% | pseudogene (1086/1137 nt) | ygeQ | pseudogene |
| ? | CP009273 | 2991140 = | 69 (1.460) | pseudogene (1048/1137 nt) | ygeQ | pseudogene | |||||
TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAG > CP009273/2990992‑2991288 | ttAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCCTCGGCCTCTCTGTAATGttt > 2:233358/1‑149 (MQ=255)ttAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGttt > 1:767260/1‑149 (MQ=255)ttAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGttt > 1:147926/1‑149 (MQ=255) acctcgttcaaaaacgaggttgaaccacctcatagataaaggttatgaaagaataacgttacagcttgatttagggggagaatccccaggttatctggaaaaagataAACATTACAGAGAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTAt > 1:84427‑M1/108‑149 (MQ=255) cTATCACTTATTTTAGTGATATTGGTGGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTTTTTGATTTGTATCATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCttt < 2:514777/149‑1 (MQ=37) cTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCttt < 1:661012/149‑1 (MQ=255) tctCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGGCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTTTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtttt < 2:233733/147‑1 (MQ=255) tATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATCTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtttt < 1:49925/149‑1 (MQ=255) tATCACTTATTTAAGTGATATTGGTGGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGTTAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtttt < 2:28853/149‑1 (MQ=255) tCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTc > 1:55549/1‑149 (MQ=255) tCACTTATTTAAGAGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTc > 1:604267/1‑149 (MQ=255) ttgttATTTGAGTGTTATGGGTTGTCTGGAGATTCAGGTGGCCAGTCTAATCTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTcc < 1:677595/146‑1 (MQ=255) ttcaacaacgaggttgaaccacctcatagataaaggttatgaaagaataacgttacagcttgatttagggggagaatccccaggttatctggaaaaagatacacattaagtaaagccgcatcgccttctctgtaatgttTATCTTTTTc < 2:487445‑M2/10‑1 (MQ=255) cACTTATGTAAGGGATATTGGTTTGCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTcc < 1:677705/149‑1 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCa > 1:389065/1‑149 (MQ=255) aCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGACTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCa < 2:722820/149‑1 (MQ=255) aGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTg > 2:19572/1‑149 (MQ=255) aGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTg > 2:19579/1‑149 (MQ=255) 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tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCt < 2:619933/149‑1 (MQ=255) tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCt > 1:422742/1‑149 (MQ=255) tGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACACTTGCTCTTTTCTTATGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATCAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCAGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTaa > 1:252142/1‑149 (MQ=255) ggAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTaaa > 2:515163/1‑149 (MQ=255) ggAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTaaa < 2:799471/149‑1 (MQ=255) 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TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTA‑AGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAG > CP009273/2990992‑2991288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |