| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | CP009273 | 1,406,182 | Δ23,060 bp | [ttcA]–[ttcC] | 33 genes [ttcA], intR, ydaQ, rcbA, ralR, recT, recE, racC, ydaE, kilR, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, tmpR, lomR, insH1, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, [ttcC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | CP009273 | 1406182 | 1429241 | 23060 | 106 [2] | [0] 103 | [ttcA]–[ttcC] | 33 genes [ttcA], intR, ydaQ, rcbA, ralR, recT, recE, racC, ydaE, kilR, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, tmpR, lomR, insH1, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, [ttcC] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009273 | = 1406181 | 2 (0.020) | 84 (0.880) | 66/244 | 0.3 | 99.0% | coding (25/936 nt) | ttcA | tRNA 2‑thiocytidine biosynthesis protein |
| ? | CP009273 | 1429242 = | 0 (0.000) | pseudogene (24/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
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GGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCA > CP009273/1429094‑1429389 | tctccagcatggtatagctgtctgtacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:727746‑M2/1‑1 (MQ=255)gctccagcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttctta < 2:1687809‑M2/1‑1 (MQ=255) ccgcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatgtgttcaggttgtattgttctttcttACTaa < 2:1019364‑M2/5‑1 (MQ=255) cagcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTaa > 2:1662377‑M2/145‑149 (MQ=255) agcatggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatatgtacaggttgtattgttctttcttACTAAt < 1:1616488‑M2/6‑1 (MQ=255) ggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCtt < 1:1629414‑M2/11‑1 (MQ=255) ggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacatttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCtt < 1:1062836‑M2/11‑1 (MQ=255) ggtatagctgtctttacccccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgaagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCtt < 2:1337728‑M2/11‑1 (MQ=255) 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cccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaattggtgcagtttgtattgttatctcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTaaa > 2:1702830‑M2/121‑149 (MQ=255) ccggagaggcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTaaaa > 1:1314390‑M2/120‑149 (MQ=255) agaggcaacccatgatgcgatcgccgtcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGa < 2:341042‑M2/34‑1 (MQ=255) gcaaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCa > 1:247264‑M2/112‑149 (MQ=255) caaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCaa < 1:3558‑M2/39‑1 (MQ=255) aaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAAt > 2:1208938‑M2/110‑149 (MQ=255) aaaccatgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTACTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAAt > 2:1321795‑M2/110‑149 (MQ=255) cattatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagctatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGt < 2:1377851‑M2/44‑1 (MQ=255) catgatgcgatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGt > 1:446674‑M2/106‑149 (MQ=255) ttttttagatcgccttcttcaatcatattgaagtcagcaatggcttcgcccacgttacgacgcagacgtttttgtaatttgttcaggttgtattgttctttcttACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTGAAAAGCGACTCAATTCGtt < 2:1406262‑M2/45‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |