| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 872,805 | C→T | 7.6% | intergenic (+4/‑174) | gsiD → / → yliE | glutathione ABC transporter permease/putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 872,805 | 0 | C | T | 7.6% | 209.2 / 4.3 | 71 | intergenic (+4/‑174) | gsiD/yliE | glutathione ABC transporter permease/putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/42); new base T (4/2); total (27/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAA > NC_000913/872525‑873070 | tCATGTCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTTTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGTTTCGAAAATTAAAGGCTGGTTAc > 1:875175/1‑281 (MQ=255) tCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGtt > 1:349836/1‑279 (MQ=255) cctgGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAatat > 1:417424/1‑281 (MQ=255) cctgGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATCTCTCGGCCTCGGTGCGCCGCCGCCGCCACCAGAGTGGGGAGCAACGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGACGGTCGCTGTTTTTCCGGCCCCGGCTATTTTTCTTACCGTACTCGCGTTCAATTTGTTGGGAGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATATGTATGTTTGAagat > 2:618817/1‑281 (MQ=255) cctgGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTAACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGTCGCACGTCGCCGTTTTTCCGGGCCTGGCTATTTTTCTGACTGTACTGGCGGTCAGTTTGGTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAACATTAAAGGATAGTAACGTTGGAatat > 2:157133/1‑281 (MQ=255) ccGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGa < 1:765132/281‑1 (MQ=255) gTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaaa < 1:932639/281‑1 (MQ=255) ctATCGTTGTGTTTTTCACCATACGCGTTGGTGCCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACCCCAGAGTGGGGAGCAATGCTAAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAAt < 2:290869/281‑1 (MQ=255) ctATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTTGTACCCCGATTATCTCCGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAAt < 2:22180/281‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATTAcc > 1:1113415/1‑281 (MQ=255) gtggttTTTTTCACCCTGCGCCTTGGTACCTCGATTATCTCGTCCGCCAGCCTCTCGTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGAAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCt < 2:769340/281‑1 (MQ=255) tggtgTTTTTCACCATGCGCATGGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTCACGt < 1:863441/251‑1 (MQ=255) ggttTTTTTCCCCATGCGCATTGGTACCTCGATTTTCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTca < 2:1078085/281‑1 (MQ=255) ttttCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGa < 1:100063/281‑1 (MQ=255) aCCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 1:225624/281‑1 (MQ=255) gggacagcATTGGTACCTCAATTATCTCTGCCACCAGCCTCTCAGTTGTGGCCCTCTGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGATCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGTTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGTCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTCCTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 2:216760/274‑1 (MQ=255) tGCGCATTGGTACCTCGATTCTCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACAAGAGTAGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGCTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATTACCTCACCAGAAATTAATGc > 2:744379/1‑281 (MQ=255) tGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGc > 2:844782/1‑281 (MQ=255) gcgcgatGGTACCTAGATTATCGCTGCCGCCAGCCTCACATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCAACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAGAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGcc < 1:374592/275‑1 (MQ=255) 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cGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGTGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCCAACAGGAAatgatt > 1:216760/1‑264 (MQ=255) cGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTATGt > 2:933811/1‑221 (MQ=255) cGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGt < 1:933811/221‑1 (MQ=255) 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2:883187/1‑281 (MQ=255) ccgcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTATGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGt > 1:1144846/1‑279 (MQ=255) ccgcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTa < 1:62520/280‑1 (MQ=255) tcTGTTTTTCCGGCCCTGGATATTTTTCTGACCGTACTTGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGTAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGc < 2:737048/279‑1 (MQ=255) 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TCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTATCTCTGCCGCCAGCCTCTCATTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAA > NC_000913/872525‑873070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |