| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,495,101 | T→C | 5.8% | intergenic (‑30/‑187) | ydcI ← / → ydcJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative metalloenzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,495,101 | 0 | T | C | 5.8% | 225.8 / 2.6 | 69 | intergenic (‑30/‑187) | ydcI/ydcJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative metalloenzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/30); new base C (2/2); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
GCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTG‑TTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGCAATATGGCAC > NC_000913/1494821‑1495379 | gCGTCAAAAACTCCGACTCCATGCGTTAAAAATTGTTCCCCGGGTAAGTTAATTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAAC‑AGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTTATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACGTAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTG‑TTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTg < 2:1202335/281‑1 (MQ=255) 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ttttttCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCACGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATAACGGCGGAGGAGATTCGGGAACAGTTTTCGTAGGccaggt > 1:352001/1‑276 (MQ=255) ttCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGGAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAg < 2:445224/280‑1 (MQ=255) tCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGACCAGCATCACGGCCGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGcc > 1:936543/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |