Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 3,854,297 | G→A | E126K (GAA→AAA) | emrD → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,854,297 | 0 | G | A | 99.3% | 482.5 / NA | 136 | E126K (GAA→AAA) | emrD | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (67/68); minor base C (0/1); total (67/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GGCGCGCGATCTCAACGTCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCAC‑GCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGAT > NC_000913/3854023‑3854565 | ggCGCGCGATTTCAAAGTCCGTAAAGGGGCGGTGCTGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGTTGTCTCTCAGCTGTTGTATGTCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTGGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGa < 2:368091/281‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |