| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 22.8% | 92.4 / 18.6 | 58 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/23); new base C (13/0); total (34/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCT > NC_000913/3875245‑3875790 | aCGTTTGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGGCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTg < 2:843078/280‑1 (MQ=255) gcgtgTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTTTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAgag < 2:859552/283‑3 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCTATACTGCAAAGGGTAGTTAAGGAAAg > 1:103638/1‑283 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCTTACAGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAg > 1:160662/1‑283 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGCTGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGGTTTGCCATACGGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTACCa > 1:631831/1‑283 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGTTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCa > 1:811991/1‑283 (MQ=255) ttATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGTGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCGTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGGATCaa > 2:684637/1‑282 (MQ=255) tatTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGTTTTCCCTTACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGc > 1:836201/1‑283 (MQ=255) tatTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGc > 1:433990/1‑283 (MQ=255) ttgtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCTGGTTTATTCCCACTGTCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa < 2:651936/283‑1 (MQ=255) ttgtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTTTGCTTGACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa > 1:215109/1‑283 (MQ=255) gtgtagaacAAATTAGAACACAAAAAAAACAACTCATAAAAAAATGAAGTGCGTCAGGCAAAAATCTTAAAAGGTATATCAGGCGCTAAACAGGAGAGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTGAGCTACTCGTTTAAAGGATTTATCATTAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGTTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTGTCAGGCTTTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCa < 2:28587/276‑1 (MQ=255) gtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTTTCCCATACAGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAg > 1:722860/1‑282 (MQ=255) cgaaaaTTAAGATAACAAAAAGAACAATGCAAAAAAAAAGGAAATGCGTCGGGAAAAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGACTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGGTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGacac < 2:433990/279‑1 (MQ=255) tacAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTGGTTTGCTTTAACGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGac > 1:331953/1‑280 (MQ=255) aTTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCGTTTGCTTTAACACAAAAGACAGTTAATGAAAGTATCAATAGCAGTCAGaacacatc > 1:687872/1‑275 (MQ=255) cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGct < 2:46388/214‑1 (MQ=255) cacaAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGct > 1:46388/1‑214 (MQ=255) aaaaaGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTCTCCCTTACAGAAAAAGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCATTCAGAGACCATCAATGGGCTGTCg > 1:835680/1‑283 (MQ=255) aaaGAACAATGAATAAAAAAATGACATGCTGCGGGCAGAAAGCTGAAAAATGAGATTAGAAACTATAAAGGAGTGAAAGAAGAGTATAATTTAAACGGCTTAACGACTCATTAAAACGATTAATCATGAAGTTGAAGTTTAATGTGTTTGTTAAGGCTTCCGGTTTATGCCCACTGGCGATGATGCTTTCAGGCTTTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAATGGGTATTTAAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACCCCATCACTGGGCTATctc < 2:738578/282‑3 (MQ=255) aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGctc < 1:683178/202‑1 (MQ=255) aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGctc > 2:683178/1‑202 (MQ=255) aTGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTGGTTTGCTTTAACGAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGCCACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAg > 1:678537/1‑283 (MQ=255) ggagtgcgtGCGTCGGGGAGAAATCTGAAAATGGAGAGCGAGCGGTAAACAGGAGGGAAGGAAGATGATGCTTTCAACGGATTAGCTACTCGGTTAAAGGATAAATCAGGAAGTTGAATTTTAAGGGAGTTTGTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCGGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAGAAGATAGTAATg < 2:335161/274‑1 (MQ=255) aaaTGGCATGCGTTGGGCAGAAAACAGAAAAGGGAGATCAGGGGCGAAAGAGGAGGGAAATAAAAATAATCTTTCAACGGTTTAGCTACTCGTTTAAAGGAGTAATCATTAAGTGCAATTTGAAGGGGTTTGCTAAGGCTGCCGAGTTGTTCCCACTGGCGCTGAGGGTGCCAAGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATGCCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCTCTGGGCTATCGCATGCAAAAGATAGTAATg < 2:103638/282‑1 (MQ=255) aaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATa < 1:1207/203‑1 (MQ=255) aaTGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATa > 2:1207/1‑203 (MQ=255) gTCGGGCAGGAATTAGAAAAGGGAAATCTGGGCTTAAAACGGAGGGAAAGAAAGATATTCTTTAAACGGTTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATAATGAAGTTGAAGTTTAAGGGAGTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAgg < 2:547712/281‑1 (MQ=255) tatCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTCGTCTGCTTTAACACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGGCAGACACCATCACTGGGCTATCGGAGGCAAAAGATTGTAATGGAACAAAAGGCTATGGTTTTGTCGGGGAATCGCTg > 1:965033/1‑282 (MQ=255) aaaGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTCTTTTCCTTTACAAAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTCTCGCAAGCAAAAGATAGTAATGGCACAAAAGGCTAAGTTTTTGTAGTGTAATCGCTGGATTACCTTATCACTACTGGtt > 1:765150/1‑281 (MQ=255) agtctacTTTCAACGGCTTAGGTACTCGTTTAAAGGAGTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTGATTCCCACTGGCGATGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGa < 2:722860/276‑1 (MQ=255) agTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGACTATGTTTTTGTAAGGGAATAGCCTGATTAACTTATAACTGATGGTGCCGAAGAc > 1:465110/1‑283 (MQ=255) tGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAAGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCg > 2:178060/1‑283 (MQ=255) tttCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGGAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAAAAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTAACTTATCACTTATGGTGCCGATGAACTCGtt > 2:715740/1‑282 (MQ=255) tttCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTCTCCCATACCACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGtt > 1:350158/1‑282 (MQ=255) tCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGACCGAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTCTCAATCGCAGTCAGACACCATAACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGCTAGTAATGGAACAAAAGGCTATGGTTTTGTAGGGGCATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATAGTTAAg > 1:703310/1‑283 (MQ=255) tCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTAAGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAg < 1:178060/283‑1 (MQ=255) aaaCGGTGTAGCTATTCGGTGAAGTGATGAATCATGATGTTGAATTTGAATCGATTTTTTATGGCTGCCTGTTTTGTCCTCCTGGCTTTTATTCTTTCAAGCTGTATTCCGTAAGCTATGTTTTCCCATACCTCAAATGGTAATTCAGCAAAGTATCAAACGCAGTTAGACACCATCACTGTGCTATCTCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAATAGTCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTTGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGa < 2:465110/282‑1 (MQ=255) cTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTc > 1:368630/1‑282 (MQ=255) ttggtcaatggattAAAGGATGAATAAAGGAGTTGATTTGTAAGGGATTTTTTAAGGATTACGTTTTAGTCCCACTGGCTGTAATAGTTTCAAGCTGTCACTCATATGCTCTGGGTTCCCATAGCGCAAAGGGTAATTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTTGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTaaa < 2:430929/271‑1 (MQ=255) ttAGCTAATATTTTAAAGGATTAATAATGAAGTTGAATTTTAAGGAAATTTTTAAGGCATCCTGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGATATCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATGCCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACCACATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCaa < 2:836201/283‑1 (MQ=255) tcTCGTTTAAAGAATTACTTGTGTGGTTGAGTCTTAAGGGATTTTTTTGGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGTGGATGCTTTCATGCTGTGTCTCTTATGCTCGGGTTTGCCATACCGCAAAGGGTAGGTCAGGAAAGTATCATGCGCAGTCAGAAACCATCACTGAGCTAGCGCATGCAAAAGATAGTAATGGAGCAAAAGGCTATGTTTTTGTAGTGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGTTc < 2:202206/281‑1 (MQ=255) cGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTATACCACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGATATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTATTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAga > 1:670848/1‑282 (MQ=255) aGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAAc < 2:368630/283‑1 (MQ=255) ttAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGTAGTTCATGAAAGTATCCATCGCAGTCAGAAACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTCACTGATCCCTGATGATGACCATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAAACGGc > 1:960996/1‑283 (MQ=255) tacgcATGAAGTTTAATTTTAAGTGATTTTGTATGGCTTCTGGTTTATTCGCACTGGAGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCACTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGca < 1:671760/279‑1 (MQ=255) tAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCGTGCGGTTTTTTCCCATTAGCGTTGATGATTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTACATACCCATCACGCAAAGGTTAGTACAGGAAAGTATCAATCGGAATCAGACACCATCACTGGGCGATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAATGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGCTGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTGAATGATCCAGCACTTAACCGGca < 2:811991/283‑1 (MQ=255) gAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATGAACTTCTCACTGATGGTTCCGATTACATCGGTAAGTTGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATAtt > 2:170950/1‑283 (MQ=255) aGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGCTCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGAtta > 2:154030/1‑281 (MQ=255) ttaacgcttcgtgTTTATTCCGTCTGGCTCTGATTGTTTCAGGCTTTATCTCGTAGTCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTACTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGTGTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATTCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGAtt < 2:350158/271‑1 (MQ=255) taggagaaaggggttAGTCCCCCTGGCGATGTGGCTTTCAGGCTGTATCTCGGATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACATCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGTGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGAtt < 2:666783/269‑1 (MQ=255) tacacatGCCCGTTTTTTCACATTGGCGCTGTTGCTGTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTTGGTTACAATACCGCAAAGGGTAATTCAAGAAAGAATCAATCGCAGTCAGACACAATCACTGGGCTAACGCAGACAAAAGAAAGTAATGGAACAATAGGCGATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTAGCACTGATTGTGCCGATGAAATCGTTAAGATGCTCAATGATCAAGCACTTAGCCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGAtt < 2:631831/276‑1 (MQ=255) ccGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTGCTTTACCGCAAAGAGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGACACAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAAACGGCAACATATTACGGTTGGCGATGACGCAAGATTTGTTTTaaa > 1:800320/1‑283 (MQ=255) ccGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCGTTTCCTATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGCTGACGCAAGATTTGTTTTaaa > 1:81676/1‑283 (MQ=255) aCTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGca < 2:78144/231‑1 (MQ=255) aCTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGca > 1:78144/1‑231 (MQ=255) aCTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGtt > 1:666783/1‑265 (MQ=255) cTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCCATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCAATGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACAGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTACATGCGGGGAAAAAg > 1:631236/1‑282 (MQ=255) ttCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCCGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGcac > 2:279664/1‑282 (MQ=255) taactcGTATCCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGCTTAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGAAGGCCAAAGATAGTAATGGAACACAAGGCTCTGTTTTCGTAGGGGAATCGCTGGATTCCCTTATCACTGATGCTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTACATGATCCAGCCGTCAACCGGAACAATATTCAGGTTGCCGATCACGCCAGAATTGTTTTAAATACGGTGAAAAAGAAATTTACTCGCACAataaccat > 2:810249/4‑277 (MQ=255) tATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATc < 2:308788/191‑1 (MQ=255) tATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATc > 1:308788/1‑191 (MQ=255) | ACGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCT > NC_000913/3875245‑3875790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |