| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,542 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,542 | 0 | C | A | 98.5% | 195.8 / NA | 68 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (33/33); total (35/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184405‑4184680 | gactgTTAAACAGCGTATGTAGCCTGGTGAGAAGATGGCAGGTCGTCACGGGAACAAGGGTGTAATTTCTAAGGTCAACCCGATCGAAGATATGCCTGACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 1:127391/139‑1 (MQ=255) cGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 2:405290/143‑1 (MQ=255) gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGCAGACATCGTACTGCACCAGCTGGGCGt > 1:717160/1‑143 (MQ=255) aaaccGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 2:67169/139‑1 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTCGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCCTCCCGtc > 2:350235/1‑143 (MQ=255) cGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACACGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg < 1:1009241/143‑1 (MQ=255) tacacaggcgggTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACACGCGTGTAATTTCTAAGATCAAACCTATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa < 2:804923/133‑1 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGCACTGAACCAGCTGGGCGCACCGTCTCGTAt > 1:386550/1‑143 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCCCCAAGATGGAAGACACGCCTTAAGATGAAAAAGGAACGCCGGAAGACATCGAACTGAACCAGCAGGGCGTACCGTCTCGTATGaa > 2:481894/1‑143 (MQ=255) gCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCCCGTATGGACa > 1:134068/1‑143 (MQ=255) tcgTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 2:1129576/141‑1 (MQ=255) gtaactGGCTGGTCGGCACGGGAACAAGGGTGTAATGTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGa < 1:557777/138‑1 (MQ=255) tGGCGGGTCGTCACGGTAACAAGAGTGTAATTTCGAAGGTCAACCCGATCGGCGATATTCCTTACTATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:1119617/143‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACACCGGCAAGATCCTCGa > 1:247396/1‑143 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:226280/143‑1 (MQ=255) 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1:165814/1‑143 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATAAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGAGTACCATCTCGTACGAAAGGCGGAAAGATCATCAAAacacacaag > 1:314644/1‑140 (MQ=255) aCGGTAACAAGGACGTAATTTCTCAGATCAACCCGACCGACCATATGCCTTACGATGAAAACGGTACACCCGCAGACATCGCACGGACCCCGCCGCGCGTACCGTCTCATACGCACACCGCCCCAAACCTCGAAAcccccccc > 1:1280095/1‑141 (MQ=255) cacactggTGGAATTTCTAAGATACACCCGATCGCAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTAt < 1:298566/137‑1 (MQ=255) cAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGAACTGCGATAAGCCGTACTATGAAAACGGTACGCCGGTAAACAGTGAACACGAGCTACTCGACTTTCCTTCTCGGATGAACGTCGGTCAGACCCGCCTAACCCACCTCGGTAtcg > 1:327157/1‑141 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCgggggcgggc > 1:186645/1‑137 (MQ=255) 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2:187910/1‑143 (MQ=255) tttCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt > 1:1142018/1‑143 (MQ=255) cTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc < 2:1248241/143‑1 (MQ=255) tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACGTCGGTCAGATGCTCGAAAGCGACGTGGGTATGGCTGGGAAAGGTATCg > 2:492651/1‑143 (MQ=255) aaGATCTACCCGAGCGAAGATATGCCTTACGATGAAAGCGGTTCGGCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCgg < 1:350235/143‑1 (MQ=255) aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTCGTGCAGGGAAAGGGATCGGCGACaa > 1:6690/1‑143 (MQ=255) aCCCGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 2:191490/143‑1 (MQ=255) aCCCGAGCCAAGATACGCCTTACGCTGCCACCGGTACGCCGGTAGACAGCCTTCTGAACCAGCCGGGCCTACCGACTCGTATGAACATCGGCCAGAATGCCGTTATGGTTTTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAg < 1:275659/143‑1 (MQ=255) gATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCa > 2:783073/1‑143 (MQ=255) ctCGAAGATATGCCTTACGATGAAATCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCaa < 1:46654/142‑1 (MQ=255) tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:820348/143‑1 (MQ=255) tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGGAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc > 2:1245411/1‑143 (MQ=255) tGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGGGATGGCTGCGAAAGGTACCGCCGACAAGAGCAACCCCCAGCTg > 1:46114/1‑143 (MQ=255) gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGa > 2:335571/1‑143 (MQ=255) ccTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaa > 1:996023/1‑143 (MQ=255) ccTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAAATAGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGAGTATGGCTGAGAAAGGTATCAGCGACAAGATCAACGCAATGCAGaa > 1:774118/1‑143 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGACAGGTATAGGCCACAAGATCAACGCCATGCTGacaa > 1:97021/1‑140 (MQ=255) aCGATGAAGACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAGCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcag < 2:707123/143‑1 (MQ=255) gatgatAACGTGACGCCGGTAGACTGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTTGCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 1:448000/143‑1 (MQ=255) gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca > 2:912352/1‑143 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATCAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGCTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACggccgcca > 1:1154638/1‑141 (MQ=255) aaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaag < 2:1094907/143‑1 (MQ=255) aaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAACGGTCAGAACCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGCACAACGCCAGGCTGAAACAGCAGCaaga > 1:640491/1‑143 (MQ=255) tACGCCGGTAGACATCGTCCTGAACCAGCTGGGCGGACCGTCTCGTATGAACACCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcg < 2:1004494/143‑1 (MQ=255) cGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGCACATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGACGCCAAGATCAACGCCATGCTGAAACCGCAACAACCAGAcgcg > 1:497661/1‑143 (MQ=255) gCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGa > 1:379265/1‑143 (MQ=255) ggTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAAc > 2:1148726/1‑143 (MQ=255) gTAGACATCGTACTGATCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACt < 1:199787/143‑1 (MQ=255) tAGACATCGTACTCAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTg < 2:1271850/143‑1 (MQ=255) gaGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTTCCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTg < 1:696521/142‑1 (MQ=255) aTCGTACTGAACGAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCAGGGTATGGCAGCGAAAGGTATCCCCGACACCAGCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTAGCGGAACGGcgcgg > 2:48517/1‑142 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGGATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGGGa > 2:647388/1‑143 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:1000285/143‑1 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:791339/143‑1 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAACGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa < 2:835961/143‑1 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATACAAAAACAGCAACAAAAAGTCGAGAAACAGCGCGAAttaa > 2:580687/1‑141 (MQ=255) taCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa < 2:1030093/142‑1 (MQ=255) | GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184405‑4184680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |