| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,671,594 | G→A | 5.2% | A124T (GCA→ACA) | hcaB → | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,671,594 | 0 | G | A | 5.2% | 253.5 / 2.1 | 78 | A124T (GCA→ACA) | hcaB | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/39); new base A (2/2); total (36/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
CTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATG > NC_000913/2671447‑2671741 | cTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCTGTTACCTGCTGGgcg > 3:242857/1‑148 (MQ=255)cTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGgcgc < 4:279482/149‑1 (MQ=255) aCTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCaa > 8:191547/1‑148 (MQ=255) aCTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGACTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAACCCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCaa > 8:143646/1‑148 (MQ=255) cTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCaaaa < 3:29879/149‑1 (MQ=255) gTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGc < 8:187135/148‑1 (MQ=255) gTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGc < 2:219852/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCt > 5:242060/1‑149 (MQ=255) ccGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCT‑GGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTgc < 3:99338/148‑1 (MQ=255) cGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTgc < 8:163017/148‑1 (MQ=255) cAAGCTGGATTGGTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTc > 8:307090/1‑149 (MQ=255) aGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCACAAAAGCCTGCGCTCCg > 7:221965/1‑149 (MQ=255) gATTGTTTTATCGGCAATGTAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGt > 8:933/1‑148 (MQ=255) ttGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTaa < 3:240548/149‑1 (MQ=255) tttATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGc > 4:279848/1‑149 (MQ=255) aTCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCa < 7:205925/148‑1 (MQ=255) tCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTCCCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGt < 5:181010/149‑1 (MQ=255) tCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCt < 2:219857/126‑1 (MQ=255) tCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCt > 1:219857/1‑126 (MQ=255) tCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGt < 3:337875/149‑1 (MQ=255) tgtaGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGgca < 7:933/146‑1 (MQ=255) cAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGgcagc < 2:173597/149‑1 (MQ=255) aTCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGAt < 1:20113/149‑1 (MQ=255) tCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGAtt > 1:214249/1‑149 (MQ=255) tCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGAtt > 7:140645/1‑149 (MQ=255) ggATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGAtttt < 2:214249/147‑1 (MQ=255) ggATCACAATGCCTCACTGGGTACTACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCTGCTTCCACGAGCGGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTca < 4:242857/149‑1 (MQ=255) aTCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGgcagca > 8:200455/1‑138 (MQ=255) aTCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGgcagca < 7:200455/138‑1 (MQ=255) tCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTGAATCGCCAGTGAAg > 6:216881/1‑131 (MQ=255) acaATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTg > 8:201874/1‑149 (MQ=255) caATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCaaaa > 1:184930/1‑97 (MQ=255) caATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCaaaa < 2:184930/97‑1 (MQ=255) ccTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAAt < 3:167966/149‑1 (MQ=255) ccTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAAt < 5:275885/149‑1 (MQ=255) ccTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCACAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCaaa < 8:221965/148‑1 (MQ=255) cTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCACAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTc < 5:247349/144‑1 (MQ=255) cTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCACAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTc > 6:247349/1‑144 (MQ=255) tCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATgc > 6:276744/1‑149 (MQ=255) tGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTTATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATgccgcc > 6:296710/1‑149 (MQ=255) gagaaTACTCCCGCAGATACGCTCGACACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCGTGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCAGACTGTCAAATgccgcc < 8:318979/144‑1 (MQ=255) gTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCt < 6:242060/148‑1 (MQ=255) ttAATACTCCCTCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCt < 7:1015/147‑1 (MQ=255) ttAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCt > 8:1015/1‑147 (MQ=255) tACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATc < 7:307090/149‑1 (MQ=255) aCTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATcc > 3:267857/1‑149 (MQ=255) tCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTg > 7:153743/1‑149 (MQ=255) 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CTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTCAATGTTCTCGGTTACCTGCTGGGCGCAAAAGCCTGCGCTCCGGCGTTAATCGCCAGTGAAGGCAGCATGATTTTCACACTGTCAAATGCCGCCTGGTATCCTGGCGGCGGTGGCCCGCTGTACACCGCCAGTAAACATGCCGCAACCGGACTTATTCGCCAACTGGCTTATG > NC_000913/2671447‑2671741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |