| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,096,244 | G→A | 5.0% | R142H (CGC→CAC) | yggT → | putative inner membrane protein; compensates for loss in K+ uptake |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,096,244 | 0 | G | A | 5.0% | 257.2 / 2.2 | 79 | R142H (CGC→CAC) | yggT | putative inner membrane protein; compensates for loss in K+ uptake |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/44); new base A (2/2); total (33/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
CCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCGTTATGAA > NC_000913/3096097‑3096387 | ccGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTcgc > 8:9785/1‑149 (MQ=255)ccGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTcgc > 3:307023/1‑149 (MQ=255)ccGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTcgc > 2:140094/1‑149 (MQ=255) ggTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTcgccg > 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tgctgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGc > 8:256176/1‑148 (MQ=255) tgctgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGc > 2:138143/1‑148 (MQ=255) ctgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAt < 3:95099/149‑1 (MQ=255) tgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAtg > 2:150469/1‑149 (MQ=255) aaaaCCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAtgg < 1:138143/148‑1 (MQ=255) aaaCCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAtgggt < 5:225091/149‑1 (MQ=255) cATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGGGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCGGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGga < 7:293414/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGgat > 1:43591/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAtgggtgg < 5:56858/142‑1 (MQ=255) gCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAAtgggtgg > 6:56858/1‑142 (MQ=255) 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aTTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCTGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGc < 6:38916/148‑1 (MQ=255) aTTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGc < 7:256176/148‑1 (MQ=255) ttCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCgat > 3:248770/1‑149 (MQ=255) ttCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCga < 6:45988/148‑1 (MQ=255) ggTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTtctc < 7:64291/138‑1 (MQ=255) ggTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTtctc > 8:64291/1‑138 (MQ=255) ggTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCgatga < 4:157213/146‑1 (MQ=255) ggTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATcc < 8:188163/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTc < 6:137679/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTc < 1:156318/149‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGtt < 1:140094/147‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTct < 2:43591/149‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTc < 4:307023/148‑1 (MQ=255) tgGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTctg > 3:152091/1‑149 (MQ=255) gTGATGGCGATTATGAGCTGTGTAAGCCAGGGTCGTAGCCCGATTGAATACGTGATGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTctg < 6:286230/147‑1 (MQ=255) 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tgcGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCg > 5:313173/1‑149 (MQ=255) gcCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCGTTa < 7:150088/149‑1 (MQ=255) cccGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCGTTAt < 3:342997/149‑1 (MQ=255) cccGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCGTTAt > 8:114611/1‑149 (MQ=255) gATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGTCATCAATATGGGTGTCGCAGAAGTATTACAGGCAACCGGAAATATGCTGCTGCCAGGGCTGTGGATGGCGTTATGaa < 3:147363/149‑1 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |