| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,418,487 | T→C | 5.6% | G469G (GGT→GGC) | yfcC → | putative inner membrane transporter; C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,418,487 | 0 | T | C | 5.6% | 206.4 / 2.7 | 71 | G469G (GGT→GGC) | yfcC | putative inner membrane transporter; C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/32); new base C (2/2); total (37/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
GTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCACCGCTTGGCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCTTTTTTC > NC_000913/2418339‑2418635 | gTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCACCGCTTGGCGATCTGGTCGGTGTTAAGCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGgt < 1:349556/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCACCGCTTGGCGATCTGGTCGGTCTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGACGTTAATGGCAACGCTCGgtgtg > 5:91829/1‑149 (MQ=255) ggcggcGTTAACCATGCCGTTACTGGCACCGCTTGGCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGgtgtgt < 4:175599/149‑1 (MQ=255) 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cGCTTGGCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTAGACTTCCGTAACTGGCTGAAg < 3:50928/149‑1 (MQ=255) ggCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGCGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTggg > 4:147883/1‑149 (MQ=255) gCGATGTGGTCGGTGTTTACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCTTTTTGGTGATGGCTTCAGTCACTTCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTTATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTggg < 6:91829/148‑1 (MQ=255) gCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTggg < 7:154673/148‑1 (MQ=255) gATCTGGTCGGTGTTAAGCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGgcgc > 1:226017/1‑149 (MQ=255) gATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGgcgc > 2:153881/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGAc < 7:30162/146‑1 (MQ=255) tCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTa > 1:292976/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCGGAAGGTGGGCGCGACCCTAc > 8:131927/1‑149 (MQ=255) tgtTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTg < 7:348637/149‑1 (MQ=255) 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ccGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGActgc > 3:172751/1‑149 (MQ=255) tCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGt < 1:96301/149‑1 (MQ=255) aGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGt > 7:140193/1‑97 (MQ=255) aGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGt < 8:140193/97‑1 (MQ=255) gTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGAGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGCCCCTACTTGGACTGCTGTttat > 8:333565/1‑149 (MQ=255) ttACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGCGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTttatt < 3:147883/149‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATg < 8:28685/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGt > 7:310881/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGCGGTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCACGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTc < 3:38999/149‑1 (MQ=255) cTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCa < 4:80461/148‑1 (MQ=255) gCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGcg < 6:195578/148‑1 (MQ=255) gTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGgc < 2:158674/149‑1 (MQ=255) aTGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTAAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCt < 1:127993/149‑1 (MQ=255) cTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGt > 5:323518/1‑149 (MQ=255) ttCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGtt > 1:145714/1‑149 (MQ=255) aGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGAt < 3:250343/149‑1 (MQ=255) aGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGCGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGa < 8:189061/148‑1 (MQ=255) acaTCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATgg > 8:298920/1‑147 (MQ=255) acaTCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATgg < 7:298920/147‑1 (MQ=255) tcatTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTGCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTAc < 1:101014/149‑1 (MQ=255) cccAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTaa > 8:312237/1‑148 (MQ=255) ccAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTaaa > 6:283957/1‑148 (MQ=255) cAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTAGGTGTGTGCAGTGTGCACTTCCGTAACTGGCTGAAGGGGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTaaaaa < 1:126442/149‑1 (MQ=255) ccTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGt < 1:153881/149‑1 (MQ=255) cTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGtt < 5:283957/149‑1 (MQ=255) tCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTTTGTGCAGGGTGGACTTCAGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACAAATAAAAATGtt > 7:327555/1‑148 (MQ=255) aGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTa < 7:116674/147‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGc > 5:54057/1‑149 (MQ=255) cAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCgg > 8:54147/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGAt < 5:18654/111‑1 (MQ=255) aaCGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGAt < 7:246993/111‑1 (MQ=255) aaCGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGAt > 8:246993/1‑111 (MQ=255) aaCGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGAt > 6:18654/1‑111 (MQ=255) aaCGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGc > 2:336291/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGctct > 8:6519/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCttt > 8:37611/1‑149 (MQ=255) ggTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCttttt > 6:214627/1‑149 (MQ=255) ggTGTGGGCAGGGTGGACTTCCGTCACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTAATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCtttt < 6:269198/148‑1 (MQ=255) tgtgtgCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCtttttt > 3:150063/1‑148 (MQ=255) tgtgtgCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCTTTTTTc < 1:336291/149‑1 (MQ=255) | GTCAGGCGGCGTTAACCATGCCGTTACTGGCACCGCTTGGCGATCTGGTCGGTGTTAACCGTCAGGTTACCGTGCTGGCGTTCCAGTTTGGTGATGGCTTCAGTCACATCATTTACCCAACCTCAGCGTCGTTAATGGCAACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTAGTGATCGGCGCTCAGTTGATGGGCTACCACTAAAAATGTTAAGAGCCGCAATTGCGGCTCTTTTTTC > NC_000913/2418339‑2418635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |